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微笑漩涡

新虫 (著名写手)

[交流] 求助连接转化问题(如何提高白斑数目啊)

小弟在构建宏基因组文库,连接体系是10或者20ul。
其中10ul体系用来化转,20ul体系电转。
10ul体系包括:
1ul 去磷酸化质粒(PBS SK+ 2958bp)
3、5、7ul DNA(2-9KB)
0.5ul T4 DNA ligase
1ul buffer
16度过夜和16度过夜后再4度过夜都试过。

感受态细胞为DH5a,自己作的(TSS),并且用puc19检测过其转化效率,都高于10的八次幂。

化转时10ul全部用来化转,电转时乙醇沉淀洗盐纯化后溶于15ul,取5ul用于电转。
但是转化后全部涂布仅仅只有100个白斑,效率太低了啊
要是建个20000个克隆的库,那转化就转死人了。下面的电泳图为质粒载体和DNA的量的比较。 VECTOR 2ul VS DNA 5 ul


大家帮忙分析下怎样提高白斑数目啊,小弟不胜感激啊。
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
微笑漩涡(金币+2,VIP+0):谢谢 啊
建库的话,电转好些
要化转的话,首先,用好一点的连接酶,比如NEB的,那个效果非常好
要不然就用Fermantas的
连接物跑电泳都看得清,证明是非常浓的了
fmol级别都能化转出来,更别说是这种了
我觉得是连接这一步不好
用好点的酶绝对 出来
6楼2009-01-02 18:14:50
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查看全部 10 个回答

MAIZE

★ ★ ★
微笑漩涡(金币+3,VIP+0):谢谢您宝贵的建议啊
用于转化的连接产物根本就没有必要重新纯化,纯化过程中会有很大的损失。你的载体片断已经非常浓了,连接时用10ul体系,1ul载体,1ul酶,1ulbuffer,其余全部加你的片断,片段越多越好。取5ul用于转化,效率应该很好。我最近2个月成功连接了10个载体,小有一些心得。
2楼2009-01-02 15:55:04
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微笑漩涡

新虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by MAIZE at 2009-1-2 15:55:
用于转化的连接产物根本就没有必要重新纯化,纯化过程中会有很大的损失。你的载体片断已经非常浓了,连接时用10ul体系,1ul载体,1ul酶,1ulbuffer,其余全部加你的片断,片段越多越好。取5ul用于转化,效率应该很 ...

我用化转行么?我是指电转的时候我才纯化的。

另外您说的5ul是用来化转还是电转啊?

[ Last edited by 微笑漩涡 on 2009-1-2 at 16:21 ]
3楼2009-01-02 16:02:47
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yuhuimeiye

木虫 (著名写手)

★ ★
微笑漩涡(金币+2,VIP+0):谢谢
我做建库的时候也是刚开始的时候电转化效率很低,我的长的还没有你的多。我当时是200的感受态取一微升能长几个菌落,后来调整了方法,每一微升都能长好几百个。你可以参照一下。
保证你的感受态是电转感受态,我也是自己做的,没问题
电转的时候可以不用在超净台中做,直接在外面加样,减少冻融时间,保证脉冲时间
菌复苏的时候,确定转速,太快太慢都不行,快了,菌受不住,慢,单克隆太少
然后涂板,你可以不用涂菌棒,直接稀释后晃匀即可。而且不能用LB稀释,我觉得你极有可能是这步有问题。LB直接稀释电转菌,容易杀死菌。
个人一点经验,你可以参照一下
4楼2009-01-02 16:58:11
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