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1）The information in the CIF need to be consistent, and only some parameters can be edited and with support. 这个没看明白，烦请高手给解释一下。 2) The authors should give the refinement details under the section: _publ_section_exptl_refinement >e.g. a chiral molecule in a chiral space group, but the Flack parameter is not determined. The author should clarify any attempts to determine the Flack >parameter (and the result), and how the final refinement was done - under what condition. > >In cases where the absolute structure cannot be determined reliably by >refinement of the Flack parameter because of insufficient anomalous >scattering effects (e.g no atom heavier than Si present in the >structure) Friedel pairs should be merged (MERG 3 or 4 in SHELXL). Note >that the Flack parameter should not be reported in the CIF when Friedels >have been merged. > >If the Friedel opposites were merged a sentence such as: >"In the absence of significant anomalous dispersion effects, Friedel >pairs were averaged." >should be added to the _publ_section_exptl_refinement 这个更不明白，烦请高手详细解释一下，困扰本人很久了。。。 >8) Is there any reason why H1 treated differently in refinement from the other two hydroxy hydrogens (H2 & H3)? 这个也不知道该怎么答。 |
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[quote]Originally posted by shf455113 at 2009-1-2 14:34: 1）The information in the CIF need to be consistent, and only some parameters can be edited and with support. 这个没看明白，烦请高手给解释一下。 在CIF中的数据不是所有的都可以改的。 大部分是原来怎样就怎样， 不要随便乱编辑。 这大概就是编辑的意思。 你自己检查一下是不是有些数值被你改了？ 然后前后有点矛盾？ 2) The authors should give the refinement details under the section: _publ_section_exptl_refinement >e.g. a chiral molecule in a chiral space group, but the Flack parameter is not determined. The author should clarify any attempts to determine the Flack >parameter (and the result), and how the final refinement was done - under what condition. > >In cases where the absolute structure cannot be determined reliably by >refinement of the Flack parameter because of insufficient anomalous >scattering effects (e.g no atom heavier than Si present in the >structure) Friedel pairs should be merged (MERG 3 or 4 in SHELXL). Note >that the Flack parameter should not be reported in the CIF when Friedels >have been merged. > >If the Friedel opposites were merged a sentence such as: >"In the absence of significant anomalous dispersion effects, Friedel >pairs were averaged." >should be added to the _publ_section_exptl_refinement 这个更不明白，烦请高手详细解释一下，困扰本人很久了。。。 一些精修的细节要在_publ_section_exptl_refinement一栏加以说明. 比如如何加的氢， 为何用了restrain, 如何处理无序， 以及绝对构型的确定等。 这里编辑举了绝对构型为例。 是不是你的结构是结晶于手性的空间群？ 可是你再CIF中却没有填flack parameter? 如果你的结构是纯有机化合物，没有比Si重的元素， 则绝对构型用x-ray就难以确定， 那么修正出来的flack参数就会很大， 那绝对构型确定以栏就该填"unk", 而且要再.ins重加merg 4, 把friedel对 merg 掉。 然后精修到收敛。然后在cif重加一句 In the absence of significant anomalous dispersion effects, Friedel pairs were averaged." >8) Is there any reason why H1 treated differently in refinement from the other two hydroxy hydrogens (H2 & H3)? 这个也不知道该怎么答。 这个是精修的问题， 为何对H1和H2&H3 采取了不同的处理方法？ 它们都是OH, 要精修就都精修吧。 比较理想的处理方法是， 如果在D-F图上能找到这些OH, 那可以加些restrain,再精修的早期可以修这些H的位置； 在精修的最后几轮，一旦氢合理了，则不要精修了， 给每个氢加个AFIX 3 ， Ueq写成-1.5或-1.2,固定起来。 总之， 不要象现在这样，H1显得与H2, H3不同， 人家还要你额外说明。 |
4楼2009-01-02 19:30:57
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2楼2009-01-02 16:54:56
3楼2009-01-02 17:56:22
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