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实验用木虫

新虫 (初入文坛)

[求助] RepeatMasker能不能对输出结果做一些筛选

现在我自己按照RepeatMasker的要求,建了一个很小的重复序列数据库,用-lib参数选它就可以成功从基因组里边找出来这个数据库里的序列。但是找出来的结果,比如说我自己的数据库里某条序列长度是800bp,但是找出来能跟这条序列对上的,从80bp到800bp都有,想知道哪个参数可以设置一下这个长度,比如说只会找出来长度大于600bp(参考序列长度75%)的序列?看到有个-div参数,但是很奇怪,用-div 90这个参数跑了一遍后跟没有设置这个参数的结果是一样的。
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发疯的脚趾头

新虫 (初入文坛)

你好,我想请问repeatmasker的结果怎么看,query sequence怎么会有很多重复的?
2楼2018-01-23 10:06:37
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