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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求小分子对接蛋白详细步骤以及结合能打分
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漆黑一团

新虫 (初入文坛)

[求助] 求小分子对接蛋白详细步骤以及结合能打分 已有1人参与

300多个中药分子和20几个蛋白结合能打分，要建立CytoScape网络图，需要详细步骤，详细到单步

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1楼 2017-04-06 18:47:31
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漆黑一团

新虫 (初入文坛)
还有什么遗传算法格点设置半柔性对接，谁来教我呗

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2楼2017-04-06 18:52:44
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hclwonder

新虫 (正式写手)
你这要求有点高啊。我也不很熟，但可以共同探讨。愿意的话QQ聊，请私信问QQ号。

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3楼2017-04-07 08:38:29
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caffey0387

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个难度和计算量都好大的样子。我也是从这里学的DS，CDOCK半柔性对接，一个稍微大点的蛋白和1000多个小分子做对接，做了一天都没有出结果，我都以为死机了。劝楼主先做个libdock初筛一下吧，虽然不准确。不知道楼主的蛋白活性位点确定没有，如果还没有，那就更麻烦。个人意见，仅供参考。
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4楼2017-04-24 17:19:58
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mddock

新虫 (小有名气)
CytoScape建图不会，其他的可帮你

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5楼2017-04-25 21:38:26
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JIANGWENJUN

新虫 (正式写手)
中药分子和蛋白结合可以一起探讨，我用sybyl，1176856988

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6楼2017-05-04 08:18:41
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