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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » [求助]利用Shell脚本进行VASP计算
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zongyan

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] [求助]利用Shell脚本进行VASP计算

我根据侯柱峰写的教程中的脚本进行截断能的测试，但是一运行以后就停在done处，各位是否经历过，请帮忙解决一下。以下是脚本：

#!/bin/bash
BIN= ~/vasp
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR < System = Si-Diamond
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ENCUT = $i
ISMEAR = -5
PERC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"; time vasp
E = 'grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'
echo $i $E >> comment
done

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-22 at 22:13 ]
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细推物理须行乐,何用浮名绊此生!
1楼 2008-12-31 19:28:08
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TIGERYZZ

金虫 (小有名气)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励讨论！
楼主可不可以把出错的文字贴出来，或者描述的详细一点啊，
脚本运行后停在最后一行语句done处，难道有问题吗？
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2楼2008-12-31 20:06:21
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zongyan

铁杆木虫 (正式写手)
没有出错信息，只是停在done位置上不去了，一般来说如果脚本正确的话，当运行完脚本后就会出来vasp的运算信息的，可是这个脚本就不行，一直停着不动。
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细推物理须行乐,何用浮名绊此生!
3楼2009-01-01 09:19:01
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sunray55

银虫 (小有名气)
★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢，新年快乐
请问楼主是串行还是并行还是单机？
前两者不能简单的用 #sh ***命令
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4楼2009-01-01 11:05:58
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thanks,haha
另外楼主的系统是什么，要是Ubuntu的话，还运行VASP的时候要有 ./vasp
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5楼2009-01-01 14:31:22
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flywoud

至尊木虫 (正式写手)
有些深奥，慢慢学一下
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6楼2009-01-01 14:33:01
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by flywoud at 2009-1-1 14:33:
有些深奥，慢慢学一下

不深奥，
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7楼2009-01-01 15:00:03
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cheerian

铜虫 (正式写手)
语法上没看出问题......
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8楼2009-01-01 15:24:01
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+2):thank you very much! 1-23 16:00
我想所谓的问题应该是处在这句:
E = 'grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'
楼主应该在comment文件里面看不到输出的E值
正确的格式应该是:

E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'`
请特别注意最后两个是不同的,一个',另外一个是`
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Life, Love, Laugh.
9楼2009-01-23 13:34:27
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