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zhuanglhnj木虫 (正式写手)
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氢原子与环中心作用力表达？
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求助各位虫友，我现在碰到这样一个问题？ 我已经找到了C——H.......pi 作用力及对称码？但是如何在CIF中表达出来呢？ 需要在.INS 中需要添加什么指令？ 主要问题是如何在.INS中指定环中心，比如Cg(1)? 请高手赐教。 |
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zhuanglhnj
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2楼2008-12-31 17:00:52
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3楼2009-01-04 20:55:10
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C-H-PI作用
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C_H....PI作用，不能通过在ins文件中加入指令完成，应通过platon检测生成的lis文件中寻找相关信息，如： Analysis of X-H...Cg(Pi-Ring) Interactions (H..Cg < 3.0 Ang. - Gamma < 30.0 Deg) ==================================================================================================================================== X--H(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] H..Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S H-Perp Gamma X-H..Cg X..Cg X-H,Pi C(7) -H(7B) [ 1] -> Cg(1) [ 7546.01] 2.78 0.4759 0.4799-0.7370 -7.3319 2.750 8.02 131 3.488(2) 48 ------- --------------------------------------------- Min or Max 2.780 2.750 8.02 131.00 3.488 48.00 [ 7546] = 1/2-X,-1/2-Y,1-Z 根据该信息，再在cif中加入如下氢键信息段落： loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A C7 H7B Cg1 0.97 2.78 3.488(2) 131 7_546 cg环中心的信息也可在lis文件中找到，如： Centroid Cg(1) : x ,y ,z 0.36659(4) -0.20240(14) 0.45995(5) 画图的时候在这个点上人工造一个原子，并用虚线与有关原子相连造成氢键。 不知道解释清楚否？ |
4楼2009-01-04 20:58:42
