24小时热门版块排行榜

返回列表

陈硕

铜虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 171.3
散金: 2129
红花: 2
帖子: 547
在线: 101.9小时
虫号: 3448708
注册: 2014-09-29
性别: GG
专业: 中药心脑血管药理

[求助] 如何用R语言分析荧光定量PCR数据已有1人参与

采用的是伯乐的48孔小的荧光定量PCR仪，要对四个细菌生物样本中的三种基因的表达水平进行分析，共测量并对比分析样本生长1-7天的数据。不知道用R语言如何分析，如何做出漂亮的图来说明问题（比如热图，柱状图等等）。最好能附上完整的代码，让我可以直接套用，学习。感激不尽，答案若是特别好，我会追加金币数！补充：类似这个链接里面教的内容（http://m.blog.csdn.net/article/details?id=24372567）我没有R语言基础，还请各位大神各显神通。

发自小木虫Android客户端

回复此楼

» 猜你喜欢

自荐读博已经有9人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动已经有4人回复
求个博导看看已经有18人回复

1楼 2017-03-26 10:02:23

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

FMStation

至尊木虫 (知名作家)

应助: 591 (博士)
贵宾: 0.03
金币: 18138.7
红花: 97
帖子: 8891
在线: 1485.4小时
虫号: 2400059
注册: 2013-04-04
专业: 计算机应用技术

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

http://www2.imm.dtu.dk/courses/27411/eNotepdfs/eNote4-PCRinR.pdf
PCR, Principal Component Regression in R

https://www.r-bloggers.com/performing-principal-components-regression-pcr-in-r/

CODE:

require(pls)

set.seed (1000)

pcr_model <- pcr(Sepal.Length~., data = iris, scale = TRUE, validation = "CV")

summary(pcr_model)

# Plot the root mean squared error

validationplot(pcr_model)

1_PCR

# Plot the cross validation MSE

validationplot(pcr_model, val.type="MSEP")

2_PCR

# Plot the R2

validationplot(pcr_model, val.type = "R2")

predplot(pcr_model)

coefplot(pcr_model)

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2017-03-26 18:28:16

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

陈硕

铜虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 171.3
散金: 2129
红花: 2
帖子: 547
在线: 101.9小时
虫号: 3448708
注册: 2014-09-29
性别: GG
专业: 中药心脑血管药理

引用回帖:

2楼: Originally posted by FMStation at 2017-03-26 18:28:16
http://www2.imm.dtu.dk/courses/27411/eNotepdfs/eNote4-PCRinR.pdf
PCR, Principal Component Regression in R

https://www.r-bloggers.com/performing-principal-components-regression-pcr-in-r/

requir ...

老师您好，首先非常感谢您能在第一时间应答了我的求助问题！
但我还是有疑问。为什么我将代码运行之后是一个折线图呢？代码我看不太明白，运行后的结果感觉不像是荧光定量PCR的结果，因为qPCR（染料法），四种菌，三个基因，一共7天，放在一起处理的话数据应该是很多的，在不同时段，各个基因的表达量必然有趋势上的变化。且计算方法常常采用ΔΔCt法。总之我还是不明白