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陈硕

铜虫 (正式写手)

[求助] 如何用R语言分析荧光定量PCR数据已有1人参与

采用的是伯乐的48孔小的荧光定量PCR仪,要对四个细菌生物样本中的三种基因的表达水平进行分析,共测量并对比分析样本生长1-7天的数据。不知道用R语言如何分析,如何做出漂亮的图来说明问题(比如热图,柱状图等等)。最好能附上完整的代码,让我可以直接套用,学习。感激不尽,答案若是特别好,我会追加金币数!   补充:类似这个链接里面教的内容(http://m.blog.csdn.net/article/details?id=24372567)我没有R语言基础,还请各位大神各显神通。

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FMStation

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
http://www2.imm.dtu.dk/courses/27411/eNotepdfs/eNote4-PCRinR.pdf
PCR, Principal Component Regression in R

https://www.r-bloggers.com/performing-principal-components-regression-pcr-in-r/
CODE:
require(pls)
set.seed (1000)

pcr_model <- pcr(Sepal.Length~., data = iris, scale = TRUE, validation = "CV")

summary(pcr_model)

# Plot the root mean squared error
validationplot(pcr_model)
1_PCR

# Plot the cross validation MSE
validationplot(pcr_model, val.type="MSEP")
2_PCR

# Plot the R2
validationplot(pcr_model, val.type = "R2")

predplot(pcr_model)

coefplot(pcr_model)

2楼2017-03-26 18:28:16
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陈硕

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by FMStation at 2017-03-26 18:28:16
http://www2.imm.dtu.dk/courses/27411/eNotepdfs/eNote4-PCRinR.pdf
PCR, Principal Component Regression in R

https://www.r-bloggers.com/performing-principal-components-regression-pcr-in-r/

requir ...

老师您好,首先非常感谢您能在第一时间应答了我的求助问题!  
   但我还是有疑问。为什么我将代码运行之后是一个折线图呢?代码我看不太明白,运行后的结果感觉不像是荧光定量PCR的结果,因为qPCR(染料法),四种菌,三个基因,一共7天,放在一起处理的话数据应该是很多的,在不同时段,各个基因的表达量必然有趋势上的变化。且计算方法常常采用ΔΔCt法。   总之我还是不明白   我要拜你为师!今天看到了一篇文献,好像是用探针法,不是染料法做的荧光定量,他是用Cq法处理数据。文章里有一个框架,我也没思路了,不知道怎么应用了。
如何用R语言分析荧光定量PCR数据
运行结果.jpg


如何用R语言分析荧光定量PCR数据-1
论文截图.jpg

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  • 2017-03-27 15:27:38, 859.29 K
3楼2017-03-27 15:29:18
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陈硕

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by FMStation at 2017-03-26 18:28:16
http://www2.imm.dtu.dk/courses/27411/eNotepdfs/eNote4-PCRinR.pdf
PCR, Principal Component Regression in R

https://www.r-bloggers.com/performing-principal-components-regression-pcr-in-r/

requir ...

Principal Components Regression (PCR) 不是Polymerase Chain Reaction(PCR),您给的第二个链接中的PCR表示的含义不一样。
4楼2017-03-27 15:44:29
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