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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 如何用R语言分析荧光定量PCR数据
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陈硕

铜虫 (正式写手)

[求助] 如何用R语言分析荧光定量PCR数据 已有1人参与

采用的是伯乐的48孔小的荧光定量PCR仪，要对四个细菌生物样本中的三种基因的表达水平进行分析，共测量并对比分析样本生长1-7天的数据。不知道用R语言如何分析，如何做出漂亮的图来说明问题（比如热图，柱状图等等）。最好能附上完整的代码，让我可以直接套用，学习。感激不尽，答案若是特别好，我会追加金币数！   补充：类似这个链接里面教的内容（http://m.blog.csdn.net/article/details?id=24372567）我没有R语言基础，还请各位大神各显神通。

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1楼 2017-03-26 10:02:23
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FMStation

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://www2.imm.dtu.dk/courses/27411/eNotepdfs/eNote4-PCRinR.pdf
PCR, Principal Component Regression in R

https://www.r-bloggers.com/performing-principal-components-regression-pcr-in-r/
CODE:
require(pls)
set.seed (1000)

pcr_model <- pcr(Sepal.Length~., data = iris, scale = TRUE, validation = "CV")

summary(pcr_model)

# Plot the root mean squared error
validationplot(pcr_model)
1_PCR

# Plot the cross validation MSE
validationplot(pcr_model, val.type="MSEP")
2_PCR

# Plot the R2
validationplot(pcr_model, val.type = "R2")

predplot(pcr_model)

coefplot(pcr_model)
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2楼2017-03-26 18:28:16
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陈硕

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by FMStation at 2017-03-26 18:28:16
http://www2.imm.dtu.dk/courses/27411/eNotepdfs/eNote4-PCRinR.pdf
PCR, Principal Component Regression in R

https://www.r-bloggers.com/performing-principal-components-regression-pcr-in-r/

requir ...

老师您好，首先非常感谢您能在第一时间应答了我的求助问题！  
   但我还是有疑问。为什么我将代码运行之后是一个折线图呢？代码我看不太明白，运行后的结果感觉不像是荧光定量PCR的结果，因为qPCR（染料法），四种菌，三个基因，一共7天，放在一起处理的话数据应该是很多的，在不同时段，各个基因的表达量必然有趋势上的变化。且计算方法常常采用ΔΔCt法。   总之我还是不明白   我要拜你为师！今天看到了一篇文献，好像是用探针法，不是染料法做的荧光定量，他是用Cq法处理数据。文章里有一个框架，我也没思路了，不知道怎么应用了。
如何用R语言分析荧光定量PCR数据
运行结果.jpg


如何用R语言分析荧光定量PCR数据-1
论文截图.jpg
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    • 2017-03-27 15:27:38, 859.29 K
3楼2017-03-27 15:29:18
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陈硕

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by FMStation at 2017-03-26 18:28:16
http://www2.imm.dtu.dk/courses/27411/eNotepdfs/eNote4-PCRinR.pdf
PCR, Principal Component Regression in R

https://www.r-bloggers.com/performing-principal-components-regression-pcr-in-r/

requir ...

Principal Components Regression (PCR) 不是Polymerase Chain Reaction(PCR),您给的第二个链接中的PCR表示的含义不一样。
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4楼2017-03-27 15:44:29
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