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请问一个偏差的问题
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在计算一维配位l链中的金属距离时怎么才能得到偏差呢？编辑要^-^ [ Last edited by chhge on 2008-12-29 at 15:56 ] |
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2楼2008-12-29 16:05:49
xi2004
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3楼2008-12-29 17:05:57
4楼2008-12-30 10:07:31
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waiy2001(金币+1,VIP+0):非常感谢
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举个例子 一个结构中有两个独立的Cd原子, Cd1 Cd2 而你想要计算 1. 这两个独立的Cd原子之间的距离(即它们出现在同一不对称单元,不须对称码) 2. Cd2和通过对称码产生的Cd1A 之间的距离. 那你首先要在XP中查看Cd1A的对称码. 假设Cd2和Cd1A是通过O1相连，那么， “envi o1", （引号内为要打的命令） 就会发现 O1和 对称操作码为 5665的cd相连 "symm" , 发现 对称操作5为 -x, y, 1/2-z (空间群为C2/c), 则 5665就是 1-x, 1+y, 1/2-z 有了以上信息，在.ins中加入以下行 ACTA EQIV $1 1-x, 1+y, 1/2-z BIND Cd1 Cd2 BIND Cd2 Cd1_$1 精修几轮， 在CIF中就会发现 Cd2 Cd1 9.4439(8) . ? Cd2 Cd1 3.9424(5) 2_665 ? 注意以下CIF中该对称操作('-x, y, -z+1/2' )排在第二位，而在xp中排在第5. 通过以上办法，就算出了相隔较远的两个金属原子之间的距离。 总之，要领是 1. 如果两个原子不在同以不对称单元，要想法先获得其中一个原子的对称操作码。以上列举了在xp中获取对称操作码的一个方法。 获取对称操作码还有很多途径,比如在画图程序中。参见我的表达氢键一贴. 2. Diamond等量的也有偏差，但是假的偏差。 而shelx中是精修出来的偏差， 才是可靠的。 |
5楼2008-12-30 12:29:57
6楼2008-12-30 14:06:23