| 查看: 2734 | 回复: 2 | |||
化工小巨人新虫 (小有名气)
|
[交流]
MS建模-分子动力学模拟参数与流程
|
|
各位MD大神，小弟刚开始接触MD模拟，最近看了很多资料，学习了MS的操作以及MD模拟的相关知识，也进行了前期的一些尝试计算，目前遇到几个问题希望大家能给予帮助。研究体系为三种有机物质A、B和C，均为液态，考察彼此之间的相互作用。操作在MS8.0上进行。 1.力场选择。所研究体系包括C、H、O、N、S元素，以及苯环、羰基、醛基、S=O，C-N、C=C。对于Compass和CVFF不知道该选哪一个？ 2.流程：对分子A、B、C在Forcite中分别进行淬火，然后在Amorphous中建立盒子（建立盒子的时候有个Refinement options,是不是会在建好盒子时自动进行优化？），最后在Forcite Calculation中进行分子动力学计算。 该流程是否合适？ 3.结构优化和动力学计算，怎么知道计算是否收敛或者结果准确？ 4.一些计算细节：①淬火时，动力学优化系综选择是NVT，那么温度应该设为实验体系的温度吗？总模拟时间大于等于1000ps就会提示参数超上限，如果我要淬火1000ps，是不是分两次500ps即可？（第二次淬火起始速度选择current?）Thermostat选哪一个合适，个人觉得Berendsen和Andersen比较适合，选哪个？;Geometry Optimization中最大迭代次数一般设为多少合适？（文献没有提到）。 还有Optimize cell需要打钩吗？ ②建盒子的时候密度怎么确定？根据实际体系估算？（混合物不太好估计）还是选择Ramp density from an initial value? 这里的温度是实验体系的温度吗？需要和单个分子淬火时的温度保持一致吗？ Refinement options里面的动力学和最小化优化是对建好的盒子随即进行了优化吗？步数设为多少合适？5000合理吗？ ③最后动力学计算静电力用Ewald,范德华用cutoff,这样可以吧？ 5.关于静电力和范德华，在单个分子淬火优化和盒子建立时只有Atombased和Groupbased,那么选Atombased可以吧？（选项中没有Ewald） 那么静电力和范德华的cutoff需要分别设置吗？如果设置的不一样，在计算盒子边长的时候以范德华的cutoff为准可以吗？ 问题有点多，希望大神可以帮帮忙，最近看了很多资料，这些细节问题还是不太懂！谢谢！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
26申博推荐：南京航空航天大学国际前沿院光学方向招收博士生！
已经有1人回复
-
如何从铁电相到顺电相。
已经有1人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有95人回复
-
各位大佬，求一份最新Wien2k版本作为学习用途
已经有0人回复
-
南科大活性流体和软物质课题组诚招2027级博士、硕士研究生和博后
已经有40人回复
-
瑞典林雪平大学博士后招聘｜PEC Water Splitting 方向
已经有24人回复
-
PRB投稿，Acknowledgment sent to author状态十天了
已经有3人回复
-
PVA溶解
已经有1人回复
-
基金申请
已经有44人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
化工小巨人
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1995.8
- 散金: 10
- 红花: 1
- 帖子: 212
- 在线: 84.7小时
- 虫号: 4192501
- 注册: 2015-11-03
- 性别: GG
- 专业: 化学工程及工业化学
2楼2017-03-22 15:48:51
3楼2017-10-20 15:06:23
15