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MS建模-分子动力学模拟参数与流程
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各位MD大神，小弟刚开始接触MD模拟，最近看了很多资料，学习了MS的操作以及MD模拟的相关知识，也进行了前期的一些尝试计算，目前遇到几个问题希望大家能给予帮助。研究体系为三种有机物质A、B和C，均为液态，考察彼此之间的相互作用。操作在MS8.0上进行。 1.力场选择。所研究体系包括C、H、O、N、S元素，以及苯环、羰基、醛基、S=O，C-N、C=C。对于Compass和CVFF不知道该选哪一个？ 2.流程：对分子A、B、C在Forcite中分别进行淬火，然后在Amorphous中建立盒子（建立盒子的时候有个Refinement options,是不是会在建好盒子时自动进行优化？），最后在Forcite Calculation中进行分子动力学计算。 该流程是否合适？ 3.结构优化和动力学计算，怎么知道计算是否收敛或者结果准确？ 4.一些计算细节：①淬火时，动力学优化系综选择是NVT，那么温度应该设为实验体系的温度吗？总模拟时间大于等于1000ps就会提示参数超上限，如果我要淬火1000ps，是不是分两次500ps即可？（第二次淬火起始速度选择current?）Thermostat选哪一个合适，个人觉得Berendsen和Andersen比较适合，选哪个？;Geometry Optimization中最大迭代次数一般设为多少合适？（文献没有提到）。 还有Optimize cell需要打钩吗？ ②建盒子的时候密度怎么确定？根据实际体系估算？（混合物不太好估计）还是选择Ramp density from an initial value? 这里的温度是实验体系的温度吗？需要和单个分子淬火时的温度保持一致吗？ Refinement options里面的动力学和最小化优化是对建好的盒子随即进行了优化吗？步数设为多少合适？5000合理吗？ ③最后动力学计算静电力用Ewald,范德华用cutoff,这样可以吧？ 5.关于静电力和范德华，在单个分子淬火优化和盒子建立时只有Atombased和Groupbased,那么选Atombased可以吧？（选项中没有Ewald） 那么静电力和范德华的cutoff需要分别设置吗？如果设置的不一样，在计算盒子边长的时候以范德华的cutoff为准可以吗？ 问题有点多，希望大神可以帮帮忙，最近看了很多资料，这些细节问题还是不太懂！谢谢！！！ |
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