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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » 求助！！关于蛋白序列和转录组数据比对
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mine2mine

金虫 (小有名气)

[交流] 求助！！关于蛋白序列和转录组数据比对

之前在实验室分到了一个蛋白，做了肽指纹图谱PMF，拿到了三个氨基酸序列，但是都不大，不到20 kD。我想拿到这个蛋白的全序列或者CDS序列。因为NCBI上有该物种的转录组数据库，因此我想用蛋白序列与NCBI里的SRA转录组数据进行tblastn比对。但是没有比对出结果。我想知道我的这个思路是否可行？没有结果是由哪些原因导致的？是氨基酸序列不够长还是MAlDI-MSMS做的这个PMF序列不太可信呢？还是其他原因？鉴于我的这种情况，有没有更好的方法来达到我的目的，拿到这个蛋白的氨基酸/基因序列？
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Defeatshouldmotivateyou!
1楼 2017-03-19 21:46:24
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
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mine2mine: 金币+5 2017-03-20 14:39:12
SRA是原始测序结果吧，序列都是短序列，直接限定物种做tblastn看看。
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2楼2017-03-20 11:36:00
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mine2mine

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2017-03-20 11:36:00
SRA是原始测序结果吧，序列都是短序列，直接限定物种做tblastn看看。

按您所说我又重新做了tblastn，还是没有比对出结果。用了nr/nt限定了物种做的。请问这是什么原因呢？
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Defeatshouldmotivateyou!
3楼2017-03-20 14:38:56
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
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3楼: Originally posted by mine2mine at 2017-03-20 14:38:56
按您所说我又重新做了tblastn，还是没有比对出结果。用了nr/nt限定了物种做的。请问这是什么原因呢？...

可能是组装结果没有上传，那你看看基于转录组数据有没有文章发表，文章里应该提供附件或网址。
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4楼2017-03-27 17:28:46
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