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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fan0221

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】问个 ATK 数据输出的问题

好像ATK 的数据输出都是以.VNL的形式,就算后面跟了.dat也不能显示全部数据
例如 输运谱输出只能在Virtual NanoLab里面看到输运图谱 样子不好看不说具体的数值不能提取出来 这样为再次绘图带来很大的不便啊
在老版本的transietac中 数据是以.out文件输出的  很容易提取。
不知道在ATK中各位虫子是怎么处理这个问题的?难道还有什么别的命令控制最后的输出吗?如果是这样,哪个明白的放出来,贡献一下咯
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没事走两步!
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yuan888

铜虫 (小有名气)

★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):呵呵,欢迎常来
回楼上可以的,atk运行的时候你可以输入命令
atk filename.py>filenameb.log
这样在你的输入文件所在的地方可以出来一个.log文件 里面记录了 计算过程及结果!!
3楼2008-12-26 19:58:00
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛

★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thanks
建议你看一下:为活跃和加强交流,特开设Siesta&ATK个人经验总结以及使用技巧心得专贴! 这个帖子,详细的请看一下ATK说明书,里面有怎么输出怎么控制的,可以给你个例子:
atk bulk-calculateBands.py > si_fcc_gga.dat
后面为输出语句,输出文件的格式为.dat
2楼2008-12-26 19:56:49
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fan0221

木虫 (正式写手)

★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):欢迎交流
我就是想问如何编译这个控制结果的语句
比如
from ATK.TwoProbe import *

# Restore initial density from old calculation
zero_bias = restoreSelfConsistentCalculation("lih2li-scf.nc"

# Create a list of energies from -2 to 5 eV, with 0.1 eV spacing
import numpy
energy_list = numpy.arange(-2.0, 5.0, 0.1)*electronVolt

# Set k-points for transmission
bz_int_param = brillouinZoneIntegrationParameters( (1,1) )

# Calculate transmission spectrum
trans_spectrum = calculateTransmissionSpectrum(
    self_consistent_calculation = zero_bias,
    energies = energy_list,
    brillouin_zone_integration_parameters = bz_int_param
    )

vnlfile = VNLFile("lih2li_trans.vnl"
vnlfile.addToSample(trans_spectrum,'lih2li')
   
# Define conductance quantum
conductance_quantum = 7.748091733e-5*Siemens

# Calculate transmission spectrum at E_Fermi
fermi_trans = calculateTransmissionSpectrum(
    self_consistent_calculation = zero_bias,
    energies = [0.0]*electronVolt
    )
  
conductance = fermi_trans.coefficients()[0] * conductance_quantum
print 'Zero bias conductance: %.2e Siemens' % (conductance.inUnitsOf(Siemens))
即使 我在计算的时候是 atk trans.py > trans.dat
最后也只是在dat文件中给出了 Zero bias conductance: 4.08e-005 Siemens
那么如何写个控制语句 把输运系数也输出呢  麻烦明白的达人以这个为例子帮我写个控制语句  谢谢

[ Last edited by fan0221 on 2008-12-26 at 21:16 ]
没事走两步!
4楼2008-12-26 20:25:56
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TIGERYZZ

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
zdhlover(金币+3,VIP+0):多谢,欢迎常来交流
给以个说明书自带程序里的py脚本给你作参考
# Print at screen the Transmission Spectrum
print 'Transmission Spectrum'
print '-----------------------------------------------------------------------'
print 'Energies(eV)  Coefficients'
for i in range(len(spectrum.energies())):
    print '%17.3f %17.6f' %(
                spectrum.energies().inUnitsOf(Units.eV),
                spectrum.coefficients())
在你的脚本里写好这些输出的语句后,用楼上说的
ATK filename.py > filename.dat
就可以把输出的东西保存起来了
5楼2008-12-26 21:01:02
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