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fan0221木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】问个 ATK 数据输出的问题
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好像ATK 的数据输出都是以.VNL的形式，就算后面跟了.dat也不能显示全部数据 例如 输运谱输出只能在Virtual NanoLab里面看到输运图谱 样子不好看不说具体的数值不能提取出来 这样为再次绘图带来很大的不便啊 在老版本的transietac中 数据是以.out文件输出的 很容易提取。 不知道在ATK中各位虫子是怎么处理这个问题的？难道还有什么别的命令控制最后的输出吗？如果是这样，哪个明白的放出来，贡献一下咯 |
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2楼2008-12-26 19:56:49
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我就是想问如何编译这个控制结果的语句 比如 from ATK.TwoProbe import * # Restore initial density from old calculation zero_bias = restoreSelfConsistentCalculation("lih2li-scf.nc"  # Create a list of energies from -2 to 5 eV, with 0.1 eV spacing import numpy energy_list = numpy.arange(-2.0, 5.0, 0.1)*electronVolt # Set k-points for transmission bz_int_param = brillouinZoneIntegrationParameters( (1,1) ) # Calculate transmission spectrum trans_spectrum = calculateTransmissionSpectrum( self_consistent_calculation = zero_bias, energies = energy_list, brillouin_zone_integration_parameters = bz_int_param ) vnlfile = VNLFile("lih2li_trans.vnl" vnlfile.addToSample(trans_spectrum,'lih2li') # Define conductance quantum conductance_quantum = 7.748091733e-5*Siemens # Calculate transmission spectrum at E_Fermi fermi_trans = calculateTransmissionSpectrum( self_consistent_calculation = zero_bias, energies = [0.0]*electronVolt ) conductance = fermi_trans.coefficients()[0] * conductance_quantum print 'Zero bias conductance: %.2e Siemens' % (conductance.inUnitsOf(Siemens)) 即使 我在计算的时候是 atk trans.py > trans.dat 最后也只是在dat文件中给出了 Zero bias conductance: 4.08e-005 Siemens 那么如何写个控制语句 把输运系数也输出呢 麻烦明白的达人以这个为例子帮我写个控制语句 谢谢 [ Last edited by fan0221 on 2008-12-26 at 21:16 ] |
4楼2008-12-26 20:25:56
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给以个说明书自带程序里的py脚本给你作参考 # Print at screen the Transmission Spectrum print 'Transmission Spectrum' print '-----------------------------------------------------------------------' print 'Energies(eV) Coefficients' for i in range(len(spectrum.energies())): print '%17.3f %17.6f' %( spectrum.energies().inUnitsOf(Units.eV), spectrum.coefficients()) 在你的脚本里写好这些输出的语句后，用楼上说的 ATK filename.py > filename.dat 就可以把输出的东西保存起来了 |
5楼2008-12-26 21:01:02
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6楼2008-12-26 21:17:53
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非常感谢 TIGERYZZ 我找到你的说的例子了 呵呵 只要把scf = restoreSelfConsistentCalculation('three-ben-B-bias-2.4.nc')中的.nc文件替换成自己的然后 写上**.out 或者**.dat就可了 顺便把例子放出来 方便虫子们使用 from ATK.TwoProbe import * # Restoring the SCF from the previous calculation scf = restoreSelfConsistentCalculation('three-ben-B-bias-2.4.nc') # Specify the range of energies energy_scan = [ i/50.0*Units.eV for i in range(-201,201)] # Calculate the transmission spectrum bz_int_parm = brillouinZoneIntegrationParameters( (1,1) ) spectrum = calculateTransmissionSpectrum( self_consistent_calculation=scf, energies = energy_scan, brillouin_zone_integration_parameters=bz_int_parm) # Save the transmission spectrum to VNL file vnlfile = VNLFile("trans.vnl" vnlfile.addToSample(spectrum,'trans') # Print at screen the Transmission Spectrum print 'Transmission Spectrum' print '-----------------------------------------------------------------------' print 'Energies(eV) Coefficients' for i in range(len(spectrum.energies())): print '%17.3f %17.6f' %( spectrum.energies().inUnitsOf(Units.eV), spectrum.coefficients()) |
7楼2008-12-29 14:57:33
