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数据库使用技巧有奖大征集
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征集各类数据库的各种使用技巧，普及数据库使用检索。 参与的都有奖励（简单回帖的除外）1-5金币 好的回帖的给予重奖。6-15 欢迎大家参与!!! 简单会贴：re，smiles，好……等。 另外请尊重每一个将自己技巧和大家分享的人。 [ Last edited by duanxb on 2005-8-11 at 12:11 ] |
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PubMed检索基础与提高
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duanxb(金币+5):谢谢！
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PubMed医学文献检索服务系统，其检索内容包含MedLine，PreMedline（不含Mesh检索主题词）医学文献数据库及其他电子出版文献。 1.PubMed基本检索方式(Basic PubMed Search) 进入PubMed基本检索方式主页，在检索框中可以输入任意词，包括文献作者，出版杂志等： 键入一个或多个检索词(可以为任意词)，如protein disulfide isomerase ,也可以输入缩略名如pdi等；输入多个词时，可自动识别成词组；但词数太多时，则以逻辑与的方式识别，如可以将protein disulfide isomerase识别成一个词，也有可能将其识别成“protein AND disulfide AND isomerase”尤其是出现数字等符号时不易识别成词组； 对PubMed不能识别检索的词组，需加引号强调，如键入： “Insight II” 以文献作者方式检索，作者名的输入格式为： 姓+名 如输入：Freesman DJ ，其中“姓”为全称，“名”则为首字母简写形式（ “名”可以省略)； 键入的杂志名称可以是全名，也可以是杂志名的MedLine缩写格式 或ISSN杂志号(见期刊浏览)。 检索时可在词尾加“*”号检索所有具有同样词头的词。如键入：biolog* 可查得biology或biological等词。 PubMed可将多个词以词组形式查询，对PubMed不能识别检索的词组，需加引号强调，如键入： “Insight II” 将识别成词组“Insight II”以方式查询，若键入： Insight II 则有可能分开识别成“Insight” 和“II”两个词，以逻辑与“Insight AND II”的方式进行检索。 词与词间可用AND、OR或NOT逻辑进行连词检索。 键入检索词后，别忘了选择检索年限(30天，10年不等)及选择文献的页面显示数目。 按Enter回车键或鼠标击话界面中的“Search”按钮可得到查询文献提要(document summary page)。 2.PubMed高级检索方式 (Advanced Search) 与基本检索方式不同的是增加了检索范围(search fields).和检索模式(search mode)的选择框。 在检索范围 Search Fields 选择条框中，包含了 All fields[ALL],指PubMed所有检索范围； Affiliation[AD，AFFL]，指联系地址，包含第一作者(主要作者，Primary author)或其他作者的研究所和联系地址； Author Name[AU，AUTH]，包含文章的所有作者，格式为“姓+名(首字母大写)”； E.C. Number[RN，ECNO]，指酶学委员会统一规定的对每一个酶的特定的编号，同时也包括CAS登记号； Journal Title[TA，JOUR] 指文献出版杂志的名称； Language [LA，LANG]指文献语种； MeSH Major Topic[MAJR] 包含MEDLINE检索系统认为最重要的MeSH医学主题词表； MeSH Terms[MH，MESH], 包含所有用来检索MELINE的医学主题词(Medical Subject Headings)； Modification Date[MDAT],指文献收入PubMed的日期(年－月－日，如97-Jul-26)； Page Number[PAGE]指文献在杂志中的起始页； Publication Date[DP，PDAT]，指文章出版日期(年－月－日)； Substance[NM，SUBS]，指与文献相关的化学物质在化学文摘检索(Chemical Abstract Service, CAS)中登记的名字和在MEDLINE库中的物质名称； Text words[TW，WORD]，包括文章标题目，摘要中出现的所有述词以及MeSh词表和化学物质名称中的个别词； Title words[TI，TITL]，仅包括文献记录标题中的词； Volume[VI，VOL] 指文献所在杂志的出版卷次； Medline ID[UI，MUID]指MedLine给每条引录文献的特定标识号； PubMed ID[PMID]指PubMed给每条引录文献的特定标识号。 最好采用Entrez检索系统作进一步精细查询 在检索模式(Search Mode)选择框中，包含自动检索累计(Automatic)和检索词列表(List Terms)检索模式： “Automatic”模式： 将对检索框中键入的词按逻辑与(AND)的方式检索，不仅自动显示检索到的符合文献数，而且在“修写当前查询内容(Modify Current Query)”显示框中分别显示单个词的累计文献数。可进行查询修改，以逻辑或(OR)、逻辑否(NOT，BUTNOT)等方式检索。亦可在“添加限制查询述词(Add Terms to Query)”的栏目中键入其他限制述词。 “List terms”检索词列表式检索： 在检索框中键入一个或多个文本述词(text words)、关键词(key words)或文章作者，将检索到所有以给定词开头的词或词组的文献数目。选定其中的词或滚动条框框外词(scroll list up/down)作进一步的检索结果显示，选择多个词的话，则会显示各个词相应的文献数累加结果。显示检索数目后，与“Automatic”模式一样，可作“增添限制述词检索(Add Terms to Query)”或“修改当前检索内容(Modify Current Query)”。 显示检索文献 (Retrieving Documents) 当检索结果的文献数目较少，且能满足需要时，按“Retrieve（检索）”按钮即显示检索到的文献内容列表，包括文献的标题(title)，作者(author)及出版杂志、页码及日期(年)，这个列表称为文献摘引列表(Document Summary Page)。 可根据需要显示详细内容，每条文献均有好几种显示格式： ①Citation report(引录格式)包含引录杂志，文章标题，作者联系地址，摘要，MeSh词，化学物质规范名，以及MedLine和PubMed特定标识号。 ②Abstract report(摘要格式)包含引录杂志，标题，作者，地址或联系处以及摘要。 ③MEDLINE report(MEDLINE经典格式)可用来下载并收入目录型数据库(bibliographic database)。 ④ASN.1 report (ASN.1格式) 指文献整个的结构格式，显示相关蛋白质或核苷酸的相关文献。 在某些文献还能连接到提供全文的杂志。 查询结果的显示选择 查询结果的显示选择框(Display)中有8种显示方式可供选择，可按各自需要获取信息。 引录格式(Citation report) 摘要格式(Abstract report) MEDLINE.格式(MEDLINE report) ASN.1格式(ASN.1 report) MEDLINE网邻(MEDLINE Neighbors) 蛋白质数据库相关蛋白质(Protein links) 核苷酸数据库相关基因(Nucleotide links) 相关基因组(Genome links) 如在Protein links显示选择中能检索到相关蛋白质，还能进一步报告这些相关蛋白质的详细信息： 基因推导的蛋白质序列(GenPept report) MEDLINE相关文献(MEDLINE links) 类邻蛋白质(Protein neighbors) FASTA格式(FASTA report) 核苷酸数据库相关基因(Nucleotide links) ASN.1格式(ASN.1 report) 结构数据库相关结构(Structure links) 相关基因组（Genome links） |
8楼2005-08-13 10:30:55
抛砖引玉，呵呵。
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tq086c8(金币+5,VIP+0.1):谢谢.
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我说一下化学相关的几个数据库，呵呵，用的比较多一些。 我们下载文献，多是用代理，对于ACS、RSC数据库，他们的文献你可以先找到链接然后再挂上代理来下载，对于acs的数据库，你可以改造它的链接很快速的到你要的那一期的页面上，比如 http://pubs3.acs.org/acs/journal ... =127&inissue=31 你把volume=？和inissue＝？变成你要载的文献的卷期就可以直接到那个页面。 对于RSC，它主要是文章链接，你也可以修改它的链接快速到达你要的那篇文章的页面。有的较早的rsc，它一年的文章很多，要找到你要的文章很耗时间，比如说你要着JSC，1965，3323，但是到了那个页面要翻页的话不知道要翻多少此拉，这个时候你可以在1965年的那个页面打开一个链接，http://www.rsc.org/Publishing/Jo ... sp?doi=JR9650000001（这是这一年的第一篇文章）你把后面几个数字换成你要的页码就ok拉，这里的就是要把9650000001换成9650003323，呵呵，一下就找到拉，是不是快了很多？ 对于SD数据库，这个大家都很熟悉拉，挂上代理登陆一下，去掉代理就可以用拉，你能下载文献的年限取决于你的代理。 Wiley数据库我就不说拉。 ISI数据库也是，挂上代理登陆一下然后去掉代理就可以来。另外ISI数据库里有很多字库，不同专业的要多去学习一下使用方法，它对于提炼获取idea很有帮助。其中的derwent，在上面可以直接下载到很多专利的全文，而不用到专利网站去一页一页的载，一般的美国专利和欧洲专利都可以（当然它的数据库从1966年开始，以前的它那里也没有。） 还有一些数据库，它的验证方法我不是很清楚，它要你一直挂着代理才能下载到全文，比如Thieme，Nature.如果你的挂的代理没有权限，更换有权限的代理也下载不下来，这个时候你可以清除cookie，然后用有权限的代理再去下载就可以来。 呵呵，抛砖引玉，请大家多多参与。 [ Last edited by duanxb on 2005-8-11 at 12:36 ] |
2楼2005-08-11 12:29:26
hyong915
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.1
- 金币: 29518.4
- 红花: 8
- 帖子: 4903
- 在线: 102.9小时
- 虫号: 75793
- 注册: 2005-06-20
- 性别: GG
- 专业: 急重症医学/创伤/烧伤/整形
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tq086c8(金币+5,VIP+0.1):谢谢.
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SD高级技巧 1 为什么要注册 注册后就可以享受一些服务,比如my 提醒)的功能,可以储存检索策略,当有新的符合你要求的文献出现以后,可以通过电子邮件提醒你. 在比如检索历史,也需要注册后才享有,你可以查看检索历史,并且可以将已经有的检索词用布尔算符连起来检索. 2 sd 的限制字段 Journal-Name,title,authors,references,abstracts,keywords,text,full-text 格式:authors(benabid) ,keywords(epilepsy) 如果不限制的话，所输入的词可以位于作者，标题，文摘，参考文献，正文中． 3 sd的 LexisNexis逻辑算符 1)尽量使用最贴切的词,也要考虑同义词,近义词,缩写词等 如:kidney disease OR renal failure,mri OR magnetic resonance imaging. 2)作者检索姓一定要给出全称,推荐authors (姓 W/3 某字母） 如：authors(benabid w/3 a)其结果包括Benabid A L,A L Benabid, Benabid A, 其中的w 表示在benabid 和a 之间可以有３个words, 3)截词符号！，可以截多个词，使用＊截单个词 如cit!将会找到city,cities,city's 4)stop words遇到下列词时系统不会检索，冠词（a,an ,the ),代词（i,you ,he等），系动词（is ,be,are),连词（if ,then ,because等) 如keywords(profit and loss),系统将检索词组profit loss 5)其他语法： NOT W/n,出现该词，但是不在n个词以内 PRE/nn，该词位于位于前n个词以内 W/SEG，两词位于相同的限制性字段内 ６）各个语法的有限运算顺序,使用括号可以改变顺序 OR W/nn PRE/nn NOT W/nn W/SEG NOT W/SEG AND AND NOT 例如：pain W/15 morphine AND ganglia OR tumor OR lesion W/5 malignant 检索的顺序：１）含有ganglia ，lesion ,tumor等词 ２）与lesion 在５各词以内的词maligant ３）pain 及与morphine在１５个词以内 ７）其他：希腊字母，数字，其他语种文字转成英文，连词符号取消， |
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