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qac

金虫 (正式写手)

[交流] 请问怎么知道买来的蛋白或酶是什么结构啊

只知道在PDB(RCSB)网站上查,可是每次一个关键词查出来都有很多,不知道该选哪一个。

举个例子,比如木瓜蛋白酶,英文名是papain,在PDB上搜出来好多结果,有115个 structure hits,不知道该选哪一个了。有好多是papain和其他的结合物,还有好多是kinase,我知道查到之后可以对PDB文件用pymol看结构,可是不知道该选哪一个搜索结果,买来的样品瓶子上也没有详细的介绍。

真的把我搞晕了,望各位不吝赐教啊
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feijicao

银虫 (正式写手)


qac(金币+1,VIP+0):谢谢
我也不会  帮你顶顶
2楼2008-12-26 11:45:30
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bioinflab

银虫 (小有名气)


qac(金币+1,VIP+0):谢谢,帮我再解答一下吧
最好的办法是利用蛋白或酶的氨基酸序列在PDB中做blast,如果有就可以找到
3楼2008-12-26 23:05:05
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月月大可

木虫 (著名写手)


qac(金币+1,VIP+0):谢谢,帮我再解答一下吧
找找 AA 的序列,在PDB或Swiss-Prot中比对都可以
4楼2008-12-26 23:09:34
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qac

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by bioinflab at 2008-12-26 23:05:
最好的办法是利用蛋白或酶的氨基酸序列在PDB中做blast,如果有就可以找到

氨基酸序列?也是要去查吗,可是怎么才能知道是我买的酶的氨基酸序列呢
5楼2008-12-27 09:18:41
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qac

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 月月大可 at 2008-12-26 23:09:
找找 AA 的序列,在PDB或Swiss-Prot中比对都可以

请问氨基酸序列是去NCBI上找吗,NCBI上搜索名字也有一大堆,不知道哪个才是我买的产品的AA序列
6楼2008-12-27 09:20:48
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月月大可

木虫 (著名写手)


qac(金币+1,VIP+0):谢谢。来源物种不一样的蛋白差别很大吗。某种蛋白激酶和某种蛋白是一回事吗
酶的说明书上应该可以找到这种酶的来源,知道来源于那种生物,再在蛋白质数据库中搜素,一般数据库都会提供每种蛋白有个简单介绍,能找到来源的物种。
7楼2008-12-29 10:35:45
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月月大可

木虫 (著名写手)


qac(金币+1,VIP+0):thanks
来源不同的同功酶,有些时候差别会很大。
8楼2008-12-31 08:37:19
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