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w_sunshine_w新虫 (初入文坛)
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用MS的Forcite模块做CTAB头基(CH3)N+的几何优化问题？ 已有3人参与
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各位大神，我在用MS模拟的时候遇到了一下几个问题，希望大神们赐教！ 1. 构造像CTAB,SDBS这种离子构型时，力场和电荷是如何分配的？（总是不知道选择哪个力场，有时候系统计算的力场也会不准确） 2. 有时用discover几何优化失败，但用forcite几何优化就可以，不知这属于什么问题？计算是否准确？ 3. 用forcite几何优化的能量值并不是一直下降的，而是高低起伏的，不知这是什么原因，是否准确？    发自小木虫Android客户端 |
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问题1，单独截取表面活性剂的头基作为研究对象，而舍弃其他部分，我不知道这种建模方式有没有文献报道过，这种建模方式有依据吗？为什么要这样做？一般情况下，表面活性剂的头基确实是起主要作用的基团，但是单独截取出来研究，模型构建上是有问题的（个人感觉）。 问题2，不给出错误的提示信息，无法回答。 问题3，你上传了3个图，第2个图使用AC模块生成的后缀为xtd的文档对吧？然后你是对该xtd文档用Forcite做的几何优化对吧？ 你应该是在用AC模块构建模型的时候，number of configurations选项用的模块默认值10，所以构建出来的xtd文档包含了10个构型，再用Forcite做几何优化，此时就会对这10个构型分别做几何优化，所以你图3中显示的结果是10个构型几何优化之后的能量值，这是正常的。 如果你想得到那种能量逐渐减小的收敛图，做几何优化的对象应该是只包含单个构型的后缀为xsd的文件。 PS：构建AC时，选择输出1个构型即可。 |
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3楼2017-03-16 10:42:55
月只蓝
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在几何优化之前，先build--bonds--calculate，键构建好之后，再用discover做几何优化。 力场采用compass已测试成功。   发自小木虫Android客户端 |
6楼2017-03-16 18:55:55
lifan1233
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8楼2017-03-18 12:38:02
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非常感谢您的解答，问题三已经解决。 1. 回答您关于问题三的疑问: 我做这部分MD计算是为了后续利用MS的DPD部分对表面活性剂的性质进行模拟。由于表面活性剂的头基与尾基的性质大有不同，在做DPD模拟之前，通常将会根据片段的性质不同将其粗粒化为不同的粒子。然后根据DPD研究能够比MD更大时间空间尺度上的体系。前人也有很多这方面的研究，如果您对这方面感兴趣可以看一下例如Chen Zhengxia研究的dissipative particle dynamics simulation of the phase behavior and microstructure of CTAB/octane/1-butanol/water microemulsion. 2. 希望您能继续帮助解决一下之前的第二个问题: 对于用MS构建带电荷的离子结构，如下图的苯磺酸钠，它的各个原子的力场和电荷用discover_setup中的哪个力场比较准确？怎样判断自动分配的力场和电荷是否准确？如果不够准确如何进行手动修改？ 3. 我在利用discover_minimizer优化图2结构(用COMPASS自动分配过力场及电荷后的结构）时，出现了如图3所示的提示错误，需要如何改正？PS: 用forcite却优化成功了。 PS:问题二我始终没有找到解决方案，希望您能不吝赐教，谢谢！    发自小木虫Android客户端 |
4楼2017-03-16 17:40:14
w_sunshine_w
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9楼2017-03-18 16:05:41
lifan1233
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