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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何将小分子与预测残基合理对接
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loappleve

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何将小分子与预测残基合理对接

通过实验预测了几个与药物分子发生结合的残基，想通过计算机模拟的方法来阐述一下，希望可以在能量上的变化上加以证明支持，怎么做才比较合理呢？

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-11 at 15:51 ]
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1楼 2008-12-26 09:41:50
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elvis.lee

铁虫 (初入文坛)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多关注计算综合版！
随便什么对接软件以你测出的重要残基为中心定义活性位点，把你的分子对接进去就行！蛋白嘛，不同的突变体分别进行突变，比较不同情况下的对接结果就可以啦.autodock给出的是经验的结合自由能，可以从能量方面解释你的结果！
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2楼2008-12-26 12:18:57
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多关注计算综合版！
（1）DOCK6, AutoDock, ArgusLab都是免费的对接软件
（2）AutoDock的新版本，还能让残基也具有柔性
（3）前提是你得有受体的三维结构。
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3楼2008-12-28 09:33:28
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loappleve

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-12-28 09:33:
（1）DOCK6, AutoDock, ArgusLab都是免费的对接软件
（2）AutoDock的新版本，还能让残基也具有柔性
（3）前提是你得有受体的三维结构。

用moe能做吗？不知道怎么做是合理的 曾经想过手动做类似de novo的操作
但是技术不到家啊
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4楼2008-12-28 19:58:47
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢您的帮助
MOE当然能做对接。但是，是否支持柔性受体残基，俺就不清楚了。

合理的前提条件：

（1）最好你的受体与配体（可能有多种）已经有晶体结构(PDB)。这样，至少你知道受体上有哪些活性位点/残基。

（2）如果你的新配体，与已知的某种配体有某些相似，可以先尝试类似的结合方式。如果相差很远，那就需要猜测。

技术是通过实践＋时间提高的。
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5楼2008-12-28 20:47:23
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loappleve

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-12-28 20:47:
MOE当然能做对接。但是，是否支持柔性受体残基，俺就不清楚了。

合理的前提条件：

（1）最好你的受体与配体（可能有多种）已经有晶体结构(PDB)。这样，至少你知道受体上有哪些活性位点/残基。

（2）如果 ...

之前俺做的对接都是有复合晶体结构的，但这次难度比较大，因为蛋白质是同源建模结果，而且也只是通过突变实验知道几个可能与小分子结合的残基，而且几个残基距离不近，可能还不只是一个site。我很郁闷啊
我也检索了小分子与其他蛋白质结合位点，希望找到相似性的site，不尽如人意。。。。

[ Last edited by loappleve on 2008-12-29 at 10:52 ]
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6楼2008-12-29 10:51:06
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
苦海无边
机遇难得
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7楼2008-12-29 15:19:11
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loappleve

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-12-29 15:19:
苦海无边
机遇难得

8楼2008-12-29 15:34:07
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