应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何将小分子与预测残基合理对接
81/1返回列表
查看: 608  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

loappleve

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何将小分子与预测残基合理对接

通过实验预测了几个与药物分子发生结合的残基，想通过计算机模拟的方法来阐述一下，希望可以在能量上的变化上加以证明支持，怎么做才比较合理呢？

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-11 at 15:51 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2008-12-26 09:41:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

elvis.lee

铁虫 (初入文坛)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多关注计算综合版！
随便什么对接软件以你测出的重要残基为中心定义活性位点，把你的分子对接进去就行！蛋白嘛，不同的突变体分别进行突变，比较不同情况下的对接结果就可以啦.autodock给出的是经验的结合自由能，可以从能量方面解释你的结果！
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-12-26 12:18:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多关注计算综合版！
（1）DOCK6, AutoDock, ArgusLab都是免费的对接软件
（2）AutoDock的新版本，还能让残基也具有柔性
（3）前提是你得有受体的三维结构。
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2008-12-28 09:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

loappleve

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-12-28 09:33:
（1）DOCK6, AutoDock, ArgusLab都是免费的对接软件
（2）AutoDock的新版本，还能让残基也具有柔性
（3）前提是你得有受体的三维结构。

用moe能做吗？不知道怎么做是合理的 曾经想过手动做类似de novo的操作
但是技术不到家啊
赞一下 回复此楼
4楼2008-12-28 19:58:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢您的帮助
MOE当然能做对接。但是，是否支持柔性受体残基，俺就不清楚了。

合理的前提条件：

（1）最好你的受体与配体（可能有多种）已经有晶体结构(PDB)。这样，至少你知道受体上有哪些活性位点/残基。

（2）如果你的新配体，与已知的某种配体有某些相似，可以先尝试类似的结合方式。如果相差很远，那就需要猜测。

技术是通过实践＋时间提高的。
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2008-12-28 20:47:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

loappleve

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-12-28 20:47:
MOE当然能做对接。但是，是否支持柔性受体残基，俺就不清楚了。

合理的前提条件：

（1）最好你的受体与配体（可能有多种）已经有晶体结构(PDB)。这样，至少你知道受体上有哪些活性位点/残基。

（2）如果 ...

之前俺做的对接都是有复合晶体结构的，但这次难度比较大，因为蛋白质是同源建模结果，而且也只是通过突变实验知道几个可能与小分子结合的残基，而且几个残基距离不近，可能还不只是一个site。我很郁闷啊
我也检索了小分子与其他蛋白质结合位点，希望找到相似性的site，不尽如人意。。。。

[ Last edited by loappleve on 2008-12-29 at 10:52 ]
赞一下 回复此楼
6楼2008-12-29 10:51:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
苦海无边
机遇难得
赞一下 回复此楼
7楼2008-12-29 15:19:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

loappleve

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-12-29 15:19:
苦海无边
机遇难得

8楼2008-12-29 15:34:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 loappleve 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭