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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » ZINC15里的小分子结构如何下载
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

[交流] ZINC15里的小分子结构如何下载

最近不能打开老的zinc12，去新推出的zinc15网站转了一圈，结果发现在下载substances-subsets里boutique 的mol2格式时，只能下载7M大小。里面只有大约几百个化合物。感觉不对劲。有高手指点一下吗？谢谢
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1楼 2017-03-11 10:30:09
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hclwonder

新虫 (正式写手)
★
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你搞定了吗？
我倒算会下，是在Linux下用wget下的；按它意思好像也能在Windows下下载，但我还没摸索出来。
不过下下来的是好多小的sdf（我选的sdf格式）文件，不是像zinc12那样比较大的文件。

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2楼2017-04-17 13:50:38
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-04-17 13:50:38
你搞定了吗？
我倒算会下，是在Linux下用wget下的；按它意思好像也能在Windows下下载，但我还没摸索出来。
不过下下来的是好多小的sdf（我选的sdf格式）文件，不是像zinc12那样比较大的文件。
...

我还没有搞定。给网站负责人发了电邮。他说自己测试没问题，让我换台电脑试试
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3楼2017-05-27 05:54:04
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CPU_ZHANGHB

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用记事本打开，然后使用迅雷下载

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4楼2017-06-20 11:23:42
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by CPU_ZHANGHB at 2017-06-20 11:23:42
用记事本打开，然后使用迅雷下载

我下载的world.mol2文件用记事本打开后，显示如下：
@<TRIPOS>MOLECULE
ZINC000306122005
72    73    1     0     0
SMALL
USER_CHARGES
@<TRIPOS>ATOM
1      C1     -0.0837    1.7329    0.5863 C.3      1 ZINC000306122005   -0.1200
2      C2     -0.0874    0.2289    0.4901 C.2      1 ZINC000306122005   -0.0700
3      C3      0.5485   -0.4996    1.4086 C.2      1 ZINC000306122005    0.0200
4      N4      0.5953   -1.8928    1.3651 N.am     1 ZINC000306122005   -0.6500
5      C5      0.5790   -2.6344    0.2514 C.2      1 ZINC000306122005    0.5300
6      O6      0.5680   -2.1184   -0.8509 O.2      1 ZINC000306122005   -0.5100
7      C7      0.5750   -4.1422    0.3530 C.3      1 ZINC000306122005    0.1400
8      H8     -0.3598   -4.5213   -0.0611 H        1 ZINC000306122005    0.1400
9      C9      1.7542   -4.7168   -0.4308 C.3      1 ZINC000306122005   -0.0900
10     S10     3.0695   -3.4763   -0.5792 S.3      1 ZINC000306122005   -0.0900
11     S11     4.7096   -4.4462    0.1790 S.3      1 ZINC000306122005   -0.2100
12     C12     5.7529   -3.0837    0.7691 C.3      1 ZINC000306122005   -0.0600
13     C13     6.7415   -3.6065    1.8135 C.3      1 ZINC000306122005   -0.0800
14     C14     6.0700   -3.6334    3.1655 C.2      1 ZINC000306122005   -0.1300
15     C15     6.0717   -2.5648    3.9150 C.2      1 ZINC000306122005   -0.1900
16     C16     5.3901   -2.5109    5.2533 C.3      1 ZINC000306122005    0.1300
17     H17     5.9919   -1.9147    5.9439 H        1 ZINC000306122005    0.1000
18     C18     5.2135   -3.9152    5.8322 C.3      1 ZINC000306122005   -0.1400
19     C19     3.8283   -4.4244    5.5082 C.2      1 ZINC000306122005    0.5400
20     O20     3.1561   -4.9315    6.3781 O.2      1 ZINC000306122005   -0.5300
21     N21     3.3652   -4.2938    4.2555 N.am     1 ZINC000306122005   -0.7100
22     C22     2.0707   -4.8135    3.8132 C.3      1 ZINC000306122005    0.1400
23     H23     1.2876   -4.5092    4.4988 H        1 ZINC000306122005    0.1100
24     C24     2.1321   -6.3391    3.7247 C.3      1 ZINC000306122005   -0.1000
25     C25     0.7431   -6.8868    3.3909 C.3      1 ZINC000306122005   -0.1600
26     C26     3.1183   -6.7471    2.6284 C.3      1 ZINC000306122005   -0.1500
27     C27     1.8043   -4.2460    2.4399 C.2      1 ZINC000306122005    0.4900
28     O28     2.6240   -3.4893    1.9552 O.2      1 ZINC000306122005   -0.4900
29     N29     0.6775   -4.5509    1.7614 N.am     1 ZINC000306122005   -0.7300
30     O30     4.0865   -1.8881    5.0997 O.3      1 ZINC000306122005   -0.3400
31     C31     4.0387   -0.6346    4.6238 C.2      1 ZINC000306122005    0.4700
32     O32     5.0479   -0.0544    4.3004 O.2      1 ZINC000306122005   -0.4800
33     C33     2.6978    0.0542    4.5014 C.3      1 ZINC000306122005    0.1600
34     H34     2.8505    1.1121    4.2927 H        1 ZINC000306122005    0.1400
35     C35     1.9230   -0.1061    5.8111 C.3      1 ZINC000306122005   -0.1100
36     C36     2.7192    0.5249    6.9551 C.3      1 ZINC000306122005   -0.1500
37     C37     0.5660    0.5900    5.6894 C.3      1 ZINC000306122005   -0.1400
38     N38     1.9473   -0.5636    3.4089 N.am     1 ZINC000306122005   -0.7200
39     C39     1.2582    0.1826    2.5239 C.2      1 ZINC000306122005    0.5600
40     O40     1.2127    1.3927    2.6267 O.2      1 ZINC000306122005   -0.5100
41     H41     0.9430    2.0970    0.5467 H        1 ZINC000306122005    0.0800
42     H42    -0.6500    2.1515   -0.2457 H        1 ZINC000306122005    0.0600
43     H43    -0.5413    2.0379    1.5273 H        1 ZINC000306122005    0.0800
44     H44    -0.6049   -0.2589   -0.3226 H        1 ZINC000306122005    0.1400
45     H45     0.6179   -2.3601    2.2248 H        1 ZINC000306122005    0.3900
46     H46     2.1411   -5.5960    0.0871 H        1 ZINC000306122005    0.1100
47     H47     1.4181   -5.0087   -1.4274 H        1 ZINC000306122005    0.1200
48     H48     6.3051   -2.6597   -0.0702 H        1 ZINC000306122005    0.0900
49     H49     5.1265   -2.3123    1.2165 H        1 ZINC000306122005    0.0900
50     H50     7.0578   -4.6133    1.5451 H        1 ZINC000306122005    0.0900
51     H51     7.6092   -2.9484    1.8540 H        1 ZINC000306122005    0.0900

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