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汤丹smile木虫 (小有名气)
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为什么我的 autodock 在grid时总是不能保存为gpf文件？ 已有1人参与
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求教各位 大神，为什么我的 autodock 在设置box时，grid时总是不能保存为gpf文件？ PS:我的配体是一个氨基酸与铜离子结合在一起的结构 谢谢大家 |
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汤丹smile
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2楼2017-03-08 16:27:33
汤丹smile3楼2017-03-08 16:59:14
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在网上查到生成dpf文件是这样的 ------------Autodock4(只能通过ADT中python脚本)： $pythonsh $adtpy/prepare_dpf4.py -r macro.pdbqs -l lig.pdbqt -p ga_num_evals=25000000 -p ga_run=100 -p ga_pop_size=300 注： 也可以由python脚本中的dpf3_to_dpf4.py来将autodock3的gpf文件转化。 -p parameter=value：输入参数值 注： 此处生成的dpf需要编辑其中的参数，对遗传算法的精度进行设置。dpf文件中参数设置： 其中，"ga_num_evals"和"ga_num_evaluations"用于限定程序收敛条件，决定运算费时长短。 'ga_' 起始行参数：genetic algorithm 'sw_' 起始行参数：Solis and Wets local search method ga_num_evals=25000000 Torsions<10，设定为2.5e5 － 2.5e7；Torsions>10，设定为2.5e7（默认2.5e6) ga_run=100 最好在50以上（默认10） ga_pop_size=300（默认150） sw_max_its=3000（默认300） ---------------------------------------------------- 因为我想这是在Linux系统下可以在python中直接输入这些语言，但是我是在win10系统中安装的，不知道怎么操作，方便的话可以其他方式询问你吗 |
5楼2017-03-08 20:36:12