24小时热门版块排行榜    

查看: 1492  |  回复: 5
当前主题已经存档。

rainbot

银虫 (小有名气)

[交流] 【交流】关于MS集群并行效率的问题

最近新买了个高性能集群,每个节点 配置为 双路,Xeon 5420,8G内存。

在 计算过程中发现:

1,用CASTEP 模块进行几何优化,发现单个节点的计算速度最快,而并行的节点越多,效率越低。
2. 用CASTEP模块进行 单点能计算,发现 两个结点并行的速度最快,若增加并行节点则,CPU的效率明显下降。
3.但是用Discover动力学计算是,确发现,并行节点越多,速度越快。

个人认为的原因:不同的计算所面对的瓶颈不同,有的是CPU速度, 有的可能是网络传输速度。

不知道其他虫子有遇到这样的情况吗。  


Ps:我用的是Linux MS4.2
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

raul0716

2楼2008-12-22 17:41:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

css8170

木虫 (正式写手)


wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 8-27 20:21
我的印象是分子动力学更容易实现并行计算。
3楼2008-12-22 23:27:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fuzp

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thanks
我没有做过详细对比,但是另一位老师发现似乎也是这样的。系统小的时候是集群快,系统大的时候是单机快。不过他用的机子是12G内存,我的每个节点是8G内存,其他配置一样。不过我现在用双网卡绑定来提高网速,每个节点上都将scratch目录设在自己的硬盘里,又用部分内存虚拟scratch目录。还没做过对比。但是感觉节点之间通过网络
传输的数据并不是很大。
好像网上有资料说节点数超过4,对MS的速度提升就没多少意义。
4楼2008-12-23 09:09:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainbot

银虫 (小有名气)


fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流!
我用的是9个节点, 一个管理节点,内存16G,剩下的计算节点内存8G。

我也只是用了一个算例大致比较了一下, 回头有时间在做更详细的比较
5楼2008-12-23 17:19:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
6楼2009-08-27 14:43:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 rainbot 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 74/3700 2026-08-16 21:05 by 医学老男孩
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
请填处理意见