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rainbot

银虫 (小有名气)

[交流] 【交流】关于MS集群并行效率的问题

最近新买了个高性能集群,每个节点 配置为 双路,Xeon 5420,8G内存。

在 计算过程中发现:

1,用CASTEP 模块进行几何优化,发现单个节点的计算速度最快,而并行的节点越多,效率越低。
2. 用CASTEP模块进行 单点能计算,发现 两个结点并行的速度最快,若增加并行节点则,CPU的效率明显下降。
3.但是用Discover动力学计算是,确发现,并行节点越多,速度越快。

个人认为的原因:不同的计算所面对的瓶颈不同,有的是CPU速度, 有的可能是网络传输速度。

不知道其他虫子有遇到这样的情况吗。  


Ps:我用的是Linux MS4.2
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raul0716

学习 !
2楼2008-12-22 17:41:20
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css8170

木虫 (正式写手)


wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 8-27 20:21
我的印象是分子动力学更容易实现并行计算。
3楼2008-12-22 23:27:07
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fuzp

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thanks
我没有做过详细对比,但是另一位老师发现似乎也是这样的。系统小的时候是集群快,系统大的时候是单机快。不过他用的机子是12G内存,我的每个节点是8G内存,其他配置一样。不过我现在用双网卡绑定来提高网速,每个节点上都将scratch目录设在自己的硬盘里,又用部分内存虚拟scratch目录。还没做过对比。但是感觉节点之间通过网络
传输的数据并不是很大。
好像网上有资料说节点数超过4,对MS的速度提升就没多少意义。
4楼2008-12-23 09:09:29
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rainbot

银虫 (小有名气)


fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流!
我用的是9个节点, 一个管理节点,内存16G,剩下的计算节点内存8G。

我也只是用了一个算例大致比较了一下, 回头有时间在做更详细的比较
5楼2008-12-23 17:19:14
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6楼2009-08-27 14:43:22
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