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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 标定任意一个原子，进行原子追踪
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djl315

铜虫 (小有名气)

[交流] 标定任意一个原子，进行原子追踪

请教各位，
1  怎么在lammps中标定一个原子，追踪原子轨迹，记录标定原子的坐标变化？
2  在lammps中用什么命令计算得到的数据能得到原子在扩散界面附近的浓度分布？如图所示
谢谢大家！

标定任意一个原子，进行原子追踪
1.PNG
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1楼 2017-03-01 20:41:00
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逗比的威威


发自小木虫IOS客户端
2楼2017-03-01 20:54:19
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gengxin60
祝福
3楼2017-03-01 21:07:38
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18273603720
4楼2017-03-01 21:37:48
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缘自阳光

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
djl315: 金币+1 2017-03-02 09:40:52
1.#region head block 32.1 32.4 39.9 40.8 -354.5 -354.1  units box
#region tail block 100.4 100.5 23.8 25.3 -219.4 -219 units box                                       
#group left region head
#group right region tail
可以如上利用region 和group命令根据标定原子初始坐标，将标定原子设为特殊的group，之后在run中用dump 命令输出特殊group原子的坐标，也可以根据原子的种类，直接用group命令设定特殊group。
2.可以考虑输出所有原子的坐标，自己编个小程序在界面法线方向统计各原子分布。
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5楼2017-03-01 22:00:14
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djl315

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 缘自阳光 at 2017-03-01 22:00:14
1.#region head block 32.1 32.4 39.9 40.8 -354.5 -354.1  units box
#region tail block 100.4 100.5 23.8 25.3 -219.4 -219 units box                                       
#group left region head
#gro ...

非常感谢！
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6楼2017-03-02 09:41:22
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