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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】如何替换原子，不改变键长和键角
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freshgirl

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何替换原子，不改变键长和键角

比如我建立了一个模型，但是我需要把边界所有的A原子换成B原子，键长和键角保持不变。请问在Material Studio中如何实现？

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-25 at 15:50 ]
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1楼 2008-12-22 09:06:55
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thanks
freshgirl(金币+2,VIP+0):谢谢你的讲解
你先把你建立的模型改为p1群，然后直接替代边界的A原子就可以了啊，你只要不优化，键长和键角就保持不变，不过你不优化的话你的得到的结构肯定不是稳定的结构，那你计算的话要么不收敛，要么很耗时。
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2楼2008-12-22 09:12:46
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freshgirl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zdhlover at 2008-12-22 09:12:
你先把你建立的模型改为p1群，然后直接替代边界的A原子就可以了啊，你只要不优化，键长和键角就保持不变，不过你不优化的话你的得到的结构肯定不是稳定的结构，那你计算的话要么不收敛，要么很耗时。

谢谢你的回复。

不过我还是不明白，我建立的是一个nanocluster，所以已经是默认的P1群。我要替换的边界原子很多，如果手工一个个修改，很浪费时间而且可能出错。

所以我在想，MS里面有“替换原子”这个命令吗？
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3楼2008-12-22 09:28:56
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freshgirl

木虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thanks
或者我怎样把MS里的3D结构导出来，直接从坐标的文本文件里面改？
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4楼2008-12-22 09:30:00
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qasd

木虫 (著名写手)
★
freshgirl(金币+1,VIP+0):谢谢你的讲解，不过我只设置了3个金币，本来想给你加更多的：）
是体系中除了边界外就没有A原子了么？
那就简单了，直接用文本编辑器改car和mdf文件就行了
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5楼2008-12-22 12:46:19
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freshgirl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2008-12-22 12:46:
是体系中除了边界外就没有A原子了么？
那就简单了，直接用文本编辑器改car和mdf文件就行了

谢谢你。

可是.car和.mdf文件应该怎样分析呢？

比如开头几个原子坐标如下：
Si1      0.000000000    2.309601300    3.603466667 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si2      2.254609410    1.301699350   -0.000000000 XXXX 1      xx      Si  0.000
O1       1.759778170    0.298710400    1.157253320 XXXX 1      xx      O   0.000
O2       3.633584519    0.783132200    4.760719987 XXXX 1      xx      O   0.000

我如何判断所谓的Si1，Si2，O1和O2分别对应几何图形的哪一个原子？

MS可以调用原子标号显示吗？
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6楼2008-12-22 13:37:19
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论！
我理解楼上的意思是：要是除了边界外就没A原子的话，直接用写字板打开，然后：编辑——替换——si——c，就可以了，但是要是除了边界外还有A原子怎么替换这个还有待高手指点
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7楼2008-12-22 15:07:39
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qasd

木虫 (著名写手)
label?这个可以先结合图形界面对应一下，看看有没有规律
引用回帖:
Originally posted by freshgirl at 2008-12-22 13:37:

谢谢你。

可是.car和.mdf文件应该怎样分析呢？

比如开头几个原子坐标如下：
Si1      0.000000000    2.309601300    3.603466667 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si2      2.254609410    1.301699350 ...

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8楼2008-12-22 22:53:46
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