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盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

[求助] ZnO建模 关于真空层问题新手请教 已有2人参与

需要建立如下图所示纳米线模型,即Zn48O48要计算态密度和能带结构,按照文献是先建立7×7×2超胞,删掉多余原子,再设置另外两个方向上的10埃的真空层,我的问题是,若先建立超胞,删掉多余原子之后,得到初始模型,但这时打开build,crystal,build vaccum slab这个选项就变灰色不可用了,不能建真空层,到底怎么回事呢?若是建立这种结果具体步骤该怎样呢,谢谢!刚入门实在不懂,还望各位多多指教!

ZnO建模 关于真空层问题新手请教


ZnO建模 关于真空层问题新手请教-1


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盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
14楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-03-02 19:11:18
opt的INCAR中 就要开始加了...

你说的是用vasp计算对不  我是用DOML3算的 好像不能这样设置呢

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15楼2017-03-02 20:03:24
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
盛夏的记忆(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与,小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-01 08:54:41
用GaN模型试了一下(GaN和ZnO空间对称性一样)

首先:build,crystal,build vaccum slab这个操作只能对surface slab做,也就是你做这步之前必须要先把某个bulk material切割成某个方向的表面,然后在这个表面的法线方向加一定厚度的真空。所以如果你想这么做,正确的方法是:
(1) 先建立超胞,删掉多余原子之后,得到初始模型
(2) 切割(0 1 -1 0)方向表面,在这个表面加上真空
(3) 切割(1 0 -1 0)方向表面,在这个表面加上真空
不过这个办法比较复杂,我尝试了下,可以用下面方法,简便有效:
(1)先建立超胞,删掉多余原子之后,得到初始模型
(2)直接修改晶格常数:build,crystal, rebuild crystal, lattice parameters中把ab晶格常数修改就行。
俩方法得到的结构应该是一样的。

注意:
修改晶格常数,如果直接是右键,lattice parameters,修改ab,那么材料的空间坐标会等比例变化(也就是整体会被拉伸)
build,crystal, rebuild crystal, lattice parameters中把ab晶格常数修改,是材料不变,只改了晶格常数,等价于加真空

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计算顺利点吧
2楼2017-02-28 12:00:19
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盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-02-28 12:00:19
用GaN模型试了一下(GaN和ZnO空间对称性一样)

首先:build,crystal,build vaccum slab这个操作只能对surface slab做,也就是你做这步之前必须要先把某个bulk material切割成某个方向的表面,然后在这个表面的法 ...

我按照你所说的先导入ZnO结构,直接建了7×7×2的超胞,然后删掉周围多的原子,如下图,晶格参数应该设置多少呢在哪可以查到? a,b代表的是这个框的长度吧?文献中有这样一句话:the supercell contained a vaccum region of 12埃 perpendicular to the nanowire axis.

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3楼2017-02-28 14:44:56
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盛夏的记忆

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 盛夏的记忆 at 2017-02-28 14:44:56
我按照你所说的先导入ZnO结构,直接建了7×7×2的超胞,然后删掉周围多的原子,如下图,晶格参数应该设置多少呢在哪可以查到? a,b代表的是这个框的长度吧?文献中有这样一句话:the supercell contained a vaccum  ...

如下图
ZnO建模 关于真空层问题新手请教-2


ZnO建模 关于真空层问题新手请教-3



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4楼2017-02-28 14:46:45
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