| 查看: 13656 | 回复: 13 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[交流]
差异基因表达，GO分析，miRNA靶基因预测新思路已有10人参与
|
|||||
|
一、芯片差异基因分析 1. 芯片数据收集 在 NCBI GEO数据库下载 。 2、做差异分析 使用limma R包计算正常组织和病组织的差异表达情况    3、绘制火山图  4、绘制热图 使用pheatmap R包对差异基因进行聚类分析  5、差异基因GO分析 使用DAVID对差异基因进行GO功能富集分析  6、KEGG通路富集分析 使用DAVID对差异基因进行KEGG功能富集分析  7、蛋白互作网络 使用 String在线工具对得到的差异表达基因进行蛋白质与蛋白质相互作用关系的构建  8、子网络 使用 cytoscape 软件的 MCODE[9]插件，获得网络的重要模块。    9、每个子网络的GO分析 使用DAVID对每个子网络差异基因进行GO功能富集分析   二、miRNA靶基因分析 1. 芯片数据收集 在 NCBI GEO数据库下载 。 2. 数据预处理及差异分析 使用limma R包计算差异miRNA情况  3、火山图 4、绘制热图 使用pheatmap R包对差异miRNA进行聚类分析。 5、靶基因预测 对差异表达 miRNA 进行靶基因预测分析。  6、miRNA-gene调控网络 使用 cytoscape 软件进行miRNA-gene 调控网络图构建。 7、miRNA靶基因GO功能分析 使用DAVID对差异miRNA靶基因基因进行GO功能富集分析  8、miRNA靶基因KEGG通路富集分析 使用DAVID对差异miRNA靶基因基因进行GO功能富集分析  9、差异基因与miRNA靶基因做交集 差异基因与miRNA靶基因做交集，得到基因芯片和miRNA芯片预测的靶基因的交集基因    本报告为原创，欢迎交流指正，需要引用或转载文章的内容或图片，请联系作者，谢谢！ 一、下载数据 1、网页进入GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/） 选择Search for Studies at GEO DataSets 2、进入芯片搜索框，输入需要搜索的关键词，比如做胃癌的，输入gastric cancer 3、结果页面找到和研究相关的芯片数据 4、进入芯片数据页面，下载DataSet full SOFT file 5、阅读芯片相关介绍，需要重点关注实验内容，包括实验组和对照找，实验数目等      二、基因差异化表达 1、解压下载的GDS1210_full.soft.gz压缩包，得到GDS1210_full.soft 2、用UeDit打开查看GDS1210_full.soft文件 3、使用 R 软件的 limma 包计算，选择阈值为|logFC|>1 且 P<0.05。（R包可找ID的Q） 4、使用limma R包计算差异表达情况(|logFC|>1 & P<0.05)，共找到628个满足条件的差异基因。其中350个基因上调，278个基因下调。 归一化前后对比     18.png  21.png [ Last edited by QQ1556760763 on 2017-3-12 at 21:35 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 生物信息学 | 生物信息学 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
19890222» 猜你喜欢
大佬们，打的核磁氢谱与chemdraw预测的有偏差
已经有5人回复
-
对象没有，还非常想读博，难以抉择
已经有50人回复
-
基你太美
已经有15人回复
-
国基在研影响申请结果吗
已经有6人回复
-
刚当完兵回来想考研
已经有18人回复
-
国产期刊影响因子大于12的有20多个个了
已经有24人回复
-
博后网上办公系统维护
已经有18人回复
-
联培博士文章第一单位署名问题交流~
已经有21人回复
-
投稿求助
已经有6人回复
-
老博士选高校
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 三代单分子实时测序与细菌全基因组修饰分析
已经有0人回复
- 高通量名词解释(生物信息培训)(转)
已经有14人回复
- 蛋白质组学 & 修饰蛋白质组学 科学技术和职业生涯发展交流帖
已经有27人回复
- 有哪位大神会用blast2go进行go分析 我手上有一堆差异基因 想对他做go生物学过程分类
已经有2人回复
- 关于转录组测序Unigene
已经有3人回复
- 基因芯片数据生物信息学分析常见项目--<转>
已经有9人回复
- 【转帖】事业选择：学术界与企业界科学家的区别
已经有22人回复
- 【转帖】转基因食品与科学的失败（译文）
已经有9人回复
- 【求助/交流】求基因共表达分析方法
已经有1人回复
7楼2017-03-24 11:13:58
2楼2017-02-27 11:05:34
3楼2017-03-03 17:55:32
4楼2017-03-04 09:52:59
5