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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】sorption模块的help文件中有些不明白，请教
汕头大学海洋科学接受调剂
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紊流

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】sorption模块的help文件中有些不明白，请教

Conformer: Specify the Ratio of the conformer step type to be used in the simulation. The conformer step type is only used for sorbate components for which a trajectory of conformers is supplied.

Translate: Specify the Ratio and maximum Amplitude, in Å, of the translation step type to be used in the simulation. When the Rescale checkbox is checked, the Amplitude of the translation step type will be continuously adjusted, starting from the specified value, throughout the simulation in order to maintain an acceptance rate of approximately 50%.

看不明白这两段话，请指点！
谢谢

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-25 at 15:47 ]
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1楼 2008-12-20 21:02:51
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
紊流(金币+1):谢谢参与
紊流(金币+1,VIP+0):THX
这两段话是介绍Metropolis计算原理的，分别说设定MC方法中调整构型和平移分子的概率
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2楼2008-12-22 09:30:42
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紊流

铜虫 (小有名气)
平移分子明白，但是调整构型就不明白了？
另外，这些概率该如何设定呢？
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3楼2008-12-22 09:45:26
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thanks
紊流(金币+1,VIP+0):THX
引用回帖:
Originally posted by 紊流 at 2008-12-22 09:45:
平移分子明白，但是调整构型就不明白了？
另外，这些概率该如何设定呢？

概率一般情况下可以不用设定，就用默认的好了，除非你对你做的体系很了解，调整构型我想应该包括调节键长，键的角度，二面角等等。如果你发现你的计算结果不好，或者不精确，你可以考虑使用CBMC，就是构型偏移蒙特卡罗。
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4楼2008-12-22 10:15:23
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raul0716

★
紊流(金币+1):谢谢参与
好像长链分子的吸附都要使用构型偏移蒙特卡罗吧！
我看过一篇文献，算C1到C7的吸附，
除了C1使用Metropolis,其他都要使用CBMC 。
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5楼2008-12-22 16:38:50
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raul0716

★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励讨论
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2008-12-22 10:15:

概率一般情况下可以不用设定，就用默认的好了，除非你对你做的体系很了解，调整构型我想应该包括调节键长，键的角度，二面角等等。如果你发现你的计算结果不好，或者不精确，你可以考虑使用CBMC，就是构型偏移蒙 ...

请问高手，
CBMC中的概率是不是也一般使用默认？如果不是，一般是怎么设定？
还有后面的Rescale选上吗？
谢谢！
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6楼2008-12-22 16:41:05
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢参见讨论
wuchenwf(金币+0,VIP+0):兄弟，我看你对这个sorption模块挺熟的，能不能开个帖子，打一下大家的疑问
引用回帖:
Originally posted by raul0716 at 2008-12-22 16:41:


请问高手，
CBMC中的概率是不是也一般使用默认？如果不是，一般是怎么设定？
还有后面的Rescale选上吗？
谢谢！

一般也是用默认的，不过我看过有文献修改的，毕竟用CBMC的文献不是很多，你可以重点关注下。
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7楼2008-12-22 20:19:14
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raul0716

引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2008-12-22 20:19:

一般也是用默认的，不过我看过有文献修改的，毕竟用CBMC的文献不是很多，你可以重点关注下。

一般也用默认？
那后面的Rescale默认是没有选择的！
那高手的意思就是说一般用ＣＢＭＣ计算，Rescale不选吗　？
请教选和不选不同在哪里　？
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8楼2008-12-24 10:06:06
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紊流

铜虫 (小有名气)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thanks
在文献
Molecular Simualtions of Adsorption Isotherms for Linear and Branched Alkanes and Their Mixtures in Silicalite
T.J.H. Vlugt, R. Krishna, and B. Smit
中有说明。
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9楼2008-12-25 23:01:44
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紊流

铜虫 (小有名气)
至于resacle就不知道该如何设定了
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10楼2008-12-25 23:02:16
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