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eagle08

木虫 (著名写手)

[交流] 求助生物信息学作业【有效期至2008年12月17日】

以下是作业题目,还望各位虫友多费心【急盼中】
下面这条序列可能编码什么蛋白?用生物信息学方法分析蛋白的功能及理化特性(要求简要写出分析过程,内容要包括蛋白序列,蛋白主要功能,
          序列中含有DOMAIN的名字以及DOMAIN在PFAM数据库中的ID号,分子量,预测一下二级结构等)。

                   CGAGATCCCGGGGAGCCAGCTTGCTGGGAGAGCGGGACGGTCCGGAGCAAGCCCAGAGGCAGAGGAGGCGACAGAG

    GGAAAAAGGGCCGAGCTAGCCGCTCCAGTGCTGTACAGGAGCCGAAGGGACGCACCACGCCAGCCCCAGCCCGGCT
    CCAGCGACAGCCAACGCCTCTTGCAGCGCGGCGGCTTCGAAGCCGCCGCCCGGAGCTGCCCTTTCCTCTTCGGTGA
    AGTTTTTAAAAGCTGCTAAAGACTCGGAGGAAGCAAGGAAAGTGCCTGGTAGGACTGACGGCTGCCTTTGTCCTCC
    TCCTCTCCACCCCGCCTCCCCCCACCCTGCCTTCCCCCCCTCCCCCGTCTTCTCTCCCGCAGCTGCCTCAGTCGGC
    TACTCTCAGCCAACCCCCCTCACCACCCTTCTCCCCACCCGCCCCCCCGCCCCCGTCGGCCCAGCGCTGCCAGCCC
    GAGTTTGCAGAGAGGTAACTCCCTTTGGCTGCGAGCGGGCGAGCTAGCTGCACATTGCAAAGAAGGCTCTTAGGAG
    CCAGGCGACTGGGGAGCGGCTTCAGCACTGCAGCCACGACCCGCCTGGTTAGGCTGCACGCGGAGAGAACCCTCTG
    TTTTCCCCCACTCTCTCTCCACCTCCTCCTGCCTTCCCCACCCCGAGTGCGGAGCCAGAGATCAAAAGATGAAAAG
    GCAGTCAGGTCTTCAGTAGCCAAAAAACAAAACAAACAAAAACAAAAAAGCCGAAATAAAAGAAAAAGATAATAAC
    TCAGTTCTTATTTGCACCTACTTCAGTGGACACTGAATTTGGAAGGTGGAGGATTTTGTTTTTTTCTTTTAAGATC
    TGGGCATCTTTTGAATCTACCCTTCAAGTATTAAGAGACAGACTGTGAGCCTAGCAGGGCAGATCTTGTCCACCGT
    GTGTCTTCTTCTGCACGAGACTTTGAGGCTGTCAGAGCGCTTTTTGCGTGGTTGCTCCCGCAAGTTTCCTTCTCTG
    GAGCTTCCCGCAGGTGGGCAGCTAGCTGCAGCGACTACCGCATCATCACAGCCTGTTGAACTCTTCTGAGCAAGAG
    AAGGGGAGGCGGGGTAAGGGAAGTAGGTGGAAGATTCAGCCAAGCTCAAGGATGGAAGTGCAGTTAGGGCTGGGAA
    GGGTCTACCCTCGGCCGCCGTCCAAGACCTACCGAGGAGCTTTCCAGAATCTGTTCCAGAGCGTGCGCGAAGTGAT
    CCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCTCCCGGCGCCAGTTTGCTGCTGCTGCAGCAG
    CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACTAGCCCCA
    GGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGTGAGGATGGTTCTCCCCAAGCCCATCGTAGAGGCCCCACAGGCTACCTGGTCCT
    GGATGAGGAACAGCAACCTTCACAGCCGCAGTCGGCCCTGGAGTGCCACCCCGAGAGAGGTTGCGTCCCAGAGCCT
    GGAGCCGCCGTGGCCGCCAGCAAGGGGCTGCCGCAGCAGCTGCCAGCACCTCCGGACGAGGATGACTCAGCTGCCC
    CATCCACGTTGTCCCTGCTGGGCCCCACTTTCCCCGGCTTAAGCAGCTGCTCCGCTGACCTTAAAGACATCCTGAG
    CGAGGCCAGCACCATGCAACTCCTTCAGCAACAGCAGCAGGAAGCAGTATCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCG
    AGGGAGGCCTCGGGGGCTCCCACTTCCTCCAAGGACAATTACTTAGGGGGCACTTCGACCATTTCTGACAACGCCA
    AGGAGTTGTGTAAGGCAGTGTCGGTGTCCATGGGCCTGGGTGTGGAGGCGTTGGAGCATCTGAGTCCAGGGGAACA
    GCTTCGGGGGGATTGCATGTACGCCCCACTTTTGGGAGTTCCACCCGCTGTGCGTCCCACTCCTTGTGCCCCATTG
    GCCGAATGCAAAGGTTCTCTGCTAGACGACAGCGCAGGCAAGAGCACTGAAGATACTGCTGAGTATTCCCCTTTCA
    AGGGAGGTTACACCAAAGGGCTAGAAGGCGAGAGCCTAGGCTGCTCTGGCAGCGCTGCAGCAGGGAGCTCCGGGAC
    ACTTGAACTGCCGTCTACCCTGTCTCTCTACAAGTCCGGAGCACTGGACGAGGCAGCTGCGTACCAGAGTCGCGAC
    TACTACAACTTTCCACTGGCTCTGGCCGGACCGCCGCCCCCTCCGCCGCCTCCCCATCCCCACGCTCGCATCAAGC
    TGGAGAACCCGCTGGACTACGGCAGCGCCTGGGCGGCTGCGGCGGCGCAGTGCCGCTATGGGGACCTGGCGAGCCT
    GCATGGCGCGGGTGCAGCGGGACCCGGTTCTGGGTCACCCTCAGCCGCCGCTTCCTCATCCTGGCACACTCTCTTC
    ACAGCCGAAGAAGGCCAGTTGTATGGACCGTGTGGTGGTGGTGGGGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
    GCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGAGGCGGGAGCTGTAGCCCCCTACGGCTACACTCGGCCCCCTCAGGGGCT
    GGCGGGCCAGGAAAGCGACTTCACCGCACCTGATGTGTGGTACCCTGGCGGCATGGTGAGCAGAGTGCCCTATCCC
    AGTCCCACTTGTGTCAAAAGCGAAATGGGCCCCTGGATGGATAGCTACTCCGGACCTTACGGGGACATGCGTTTGG
    AGACTGCCAGGGACCATGTTTTGCCCATTGACTATTACTTTCCACCCCAGAAGACCTGCCTGATCTGTGGAGATGA
    AGCTTCTGGGTGTCACTATGGAGCTCTCACATGTGGAAGCTGCAAGGTCTTCTTCAAAAGAGCCGCTGAAGGGAAA
    CAGAAGTACCTGTGCGCCAGCAGAAATGATTGCACTATTGATAAATTCCGAAGGAAAAATTGTCCATCTTGTCGTC
    TTCGGAAATGTTATGAAGCAGGGATGACTCTGGGAGCCCGGAAGCTGAAGAAACTTGGTAATCTGAAACTACAGGA
    GGAAGGAGAGGCTTCCAGCACCACCAGCCCCACTGAGGAGACAACCCAGAAGCTGACAGTGTCACACATTGAAGGC
    TATGAATGTCAGCCCATCTTTCTGAATGTCCTGGAAGCCATTGAGCCAGGTGTAGTGTGTGCTGGACACGACAACA
    ACCAGCCCGACTCCTTTGCAGCCTTGCTCTCTAGCCTCAATGAACTGGGAGAGAGACAGCTTGTACACGTGGTCAA
    GTGGGCCAAGGCCTTGCCTGGCTTCCGCAACTTACACGTGGACGACCAGATGGCTGTCATTCAGTACTCCTGGATG
    GGGCTCATGGTGTTTGCCATGGGCTGGCGATCCTTCACCAATGTCAACTCCAGGATGCTCTACTTCGCCCCTGATC
    TGGTTTTCAATGAGTACCGCATGCACAAGTCCCGGATGTACAGCCAGTGTGTCCGAATGAGGCACCTCTCTCAAGA
    GTTTGGATGGCTCCAAATCACCCCCCAGGAATTCCTGTGCATGAAAGCACTGCTACTCTTCAGCATTATTCCAGTG
    GATGGGCTGAAAAATCAAAAATTCTTTGATGAACTTCGAATGAACTACATCAAGGAACTCGATCGTATCATTGCAT
    GCAAAAGAAAAAATCCCACATCCTGCTCAAGACGCTTCTACCAGCTCACCAAGCTCCTGGACTCCGTGCAGCCTAT
    TGCGAGAGAGCTGCATCAGTTCACTTTTGACCTGCTAATCAAGTCACACATGGTGAGCGTGGACTTTCCGGAAATG
    ATGGCAGAGATCATCTCTGTGCAAGTGCCCAAGATCCTTTCTGGGAAAGTCAAGCCCATCTATTTCCACACCCAGT
    GAAGCATTGGAAACCCTATTTCCCCACCCCAGCTCATGCCCCCTTTCAGATGTCTTCTGCCTGTTATAACTCTGCA
    CTACTCCTCTGCAGTGCCTTGGGGAATTTCCTCTATTGATGTACAGTCTGTCATGAACATGTTCCTGAATTCTATT
    TGCTGGGCTTTTTTTTTCTCTTTCTCTCCTTTCTTTTTCTTCTTCCCTCCCTATCTAACCCTCCCATGGCACCTTC
    AGACTTTGCTTCCCATTGTGGCTCCTATCTGTGTTTTGAATGGTGTTGTATGCCTTTAAATCTGTGATGATCCTCA
    TATGGCCCAGTGTCAAGTTGTGCTTGTTTACAGCACTACTCTGTGCCAGCCACACAAACGTTTACTTATCTTATGC
    CACGGGAAGTTTAGAGAGCTAAGATTATCTGGGGAAATCAAAACAAAAACAAGCAAAC
己所不欲勿施于人
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qaz309

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
eagle08(金币+5,VIP+0):太感谢了,再详细点就更好了
蛋白: androgen receptor [Homo sapiens]  人类男性激素受体

分析过程:这是一段含有内含子的基因序列,先用blastn搜索,可获得蛋白序列,再用获得的蛋白序列,blastp和在pFAM上分析,可获得蛋白名称,结构域
用Jpred数据库预测二级结构
2楼2008-12-16 11:18:35
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eagle08

木虫 (著名写手)

楼上是内行呀,多谢了
己所不欲勿施于人
3楼2008-12-16 11:23:16
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qaz309

金虫 (小有名气)

★ ★
eagle08(金币+2,VIP+0):虽然看不太懂,但依然感谢
http://pfam.sanger.ac.uk/search/ ... D-8D35-881D8C396E36

答案在这个网址上,楼主自己看吧
4楼2008-12-16 11:46:19
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