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anvier木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】双核单机VASP并行安装（有效期2009.1.1)
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以下是我安装VASP的全过程，请高手指点哪里出问题了。 当前是双核CPU，单机，SUSE 10的32位系统。 1.已成功安装好intel fortran 9.1.036和intel MKL 8.1.1数学库； 放置路径为：/opt/intel/fc/9.1.036/和/opt/intel/mkl/8.1.1/。 并已设置好环境变量，通过$LD_LIBRARY_PATH命令查看结果为： linux-a86d:~ # $LD_LIBRARY_PATH bash: /opt/intel/mkl/8.1.1/lib/32:/opt/intel/fc/9.1.036/lib: No such file or directory linux-a86d:~ # 2.下载mpich-1.2.7p1，并安装。 使用命令tar xzvf mpich.tar.gz 来解压它。 得到mpich-1.2.7p1目录。 进入该目录，以此使用下面的命令： a) ./configure --prefix=/usr/local/mpich -rsh=ssh --with-cflags=-O \ -f90="ifc -FR -lowercase" --with-f77flags=-O --without-romio -fc=ifc b) make c)改用root帐号，进入改目录进行安装。 make install 则把mpich安装到/usr/local/mpich目录。 3.设置与mpich有关的环境变量 在主目录下把下面的几行加入.bash_profile文件中 export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin export MPI_USEP4SSPORT=yes export MPI_P4SSPORT=22 export P4_RSHCOMMAND=ssh 然后采用下面的命令更新该文件 source /.bash_profile 4.采用mpif90来编译vasp a)进入vasp.4.lib目录中，把 makefile.linux_ifc_P4 拷贝成makefile(cp makefile.linux_ifc_P4 makefile)。 键入make命令，开始编译得到libdmy.a b)进入vasp.4.6目录中，把makefile.linux_ifc_P4拷贝成makefile 把第50行的FC=ifc前加上注释号，也就是# 第80行至82行的CPP有关内容加上注释号，改成下面的 #CPP = $(CPP_) -DHOST=\"LinuxIFC\" \ # -Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \ # -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV 把第136行的BLAS改成 BLAS= -L/opt/intel/mkl/8.1.1/lib/32 -lmkl_p4 -lsvml -lvml -lguide -lpthread 把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的 #FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o #FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a 把202行和203行的FC等改为如下的内容： FC=mpif90 FCL=$(FC) 把212行有关CPP的行前的注释号去掉，改成如下的内容： CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -Dkind8 -DNGZhalf -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \ -DMPI_BLOCK=500 \ -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV 把226和227行有关SCA的行，加上注释号，改成如下的 #SCA= $(SCA_)/libscalapack.a \ #$(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs F77init_MPI-LINUX-0.a 表示不用scalapack库。 把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容： # FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o # fftw.3.0.1 is slighly faster and should be used if available #FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a 把这些都修改后，保存。 （以上过程都十分顺利地完成了。 ） 再make。 然后就出现以下的错误， linux-a86d:/tmp/vasp.4.6 # make ./preprocess mpif90 -FR -lowercase -O3 -xW -tpp7 -c fftmpi.f90 make: mpif90: Command not found make: *** [fftmpi.o] Error 127 linux-a86d:/tmp/vasp.4.6 # [ Last edited by wuchenwf on 2009-6-22 at 21:40 ] |
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suse没有用过，不知道它和其它linux是不是有什么不一样的。按照这几步做正常来说应该是可以的。 楼主可是直接在随便一个目录下输入mpif90看看提示什么，按照第一贴说的，应该就是mpif90: Command not found。 你可以试着看看输入/usr/local/mpich/bin/mpif90看看，如果有这个命令的话，给楼主两个比较土的方法，可能可行。 1.把/usr/local/mpich/bin/下的所有文件拷到/bin/下 2.在makefile中把FC=mpif90改成FC=/usr/local/mpich/bin/mpif90 PS：两个不要一起用，还有可不可行我没试过。 |
8楼2008-12-16 11:50:00
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