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tecpenguin

铁虫 (初入文坛)

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[交流] 蛋白质动力学模拟的一些疑问?

1蛋白质在人体里有着特殊的构象, 从pdb数据库下载的文pdb里的构象是真正的人体里的构想吗?

2如果从pdb数据库下载的pdb构象是真正的人体里的构象, 为什么模拟的过程还要进行能量优化?

3EM\PR\MD, 每一步蛋白质的构象都在变, 得到数据有什么意义呢?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:39 ]

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苦干巧干，多动脑筋，坚持原则，掌握灵活，宽以待人，严于律己，广交朋友，不要吝啬

1楼 2008-12-15 11:33:04

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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

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yyx19840628(金币+5,VIP+0):热心的同志，金币来了

1. PDB的构象是晶体构象，是从溶液结晶出来的，与人体内的实际构象一定是有微小差异的，因为毕竟环境不同，但这种差异是比较小的，可以认为相同
2. 优化的是H原子，以及部分残基，如果你补了缺失残基的话，一般没有进行基本骨架优化的。优化H原子是因为PDb不保存H原子，通过软件加上的H取向是随机的，会存在很多bad contact
3. Em\PR\MD是基本的蛋白质分子动力学模拟的步骤，每一步的构象确实在变，但这种变化是一种围绕真实构象的波动，不是远离真实构象的变化

[ Last edited by gwdavid on 2008-12-15 at 17:48 ]

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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

2楼2008-12-15 12:52:26

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guolu

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tecpenguin(金币+1):谢谢参与

引用回帖:

Originally posted by gwdavid at 2008-12-15 12:52:
1. PDB的构象是晶体构象，是从溶液结晶出来的，与人体内的实际构象一定是有微小差异的，因为毕竟环境不同，但这种差异是比较小的，可以认为相同
2. 优化的是H原子，以及部分残基，如果你补了缺失残基的话，一般没 ...

学习了兄弟

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3楼2008-12-29 22:50:48

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wuhanhgf2002

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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢

1，pdb数据库中的构象一般由两种途径获得，一种是x射线衍射法，另一种是NMR的方法。这两种方法所得的构象都不是生物体中的构象。一般来说NMR的方法所获得的是溶液中的构象，更接近于生物体体液中的构象，而x射线衍射法得到的构象是低温晶体构象，不是溶液中的构象。
2，不管用什么方法所得到的pdb结构都需要优化，这是因为pdb结构中只有重原子，氢原子是用软件加上去的，所以存在很多不合理的地方。做模拟的第一步是首先要保证这个结构是一个比较合理和稳定的结构，所以必须优化。
3，我们做动力学模拟的目的是要模拟蛋白大分子在生物环境中的状态，它在现实中本来就是不断变化的，我们就是要模拟这种不断变化的状态，然后用统计去分析相关性质，这样所得到的数据才会更加真实可信。

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4楼2008-12-30 14:42:23

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