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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请教用CASPET模块中的Dynamics的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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hdh912

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教用CASPET模块中的Dynamics的问题

如题 我用里面的NVT系综跑了个T=3000K的动力学，想得到平衡态下的V-E的关系。总共跑了500步，刚开始的100步，温度保持不变，但此后温度就在3000K上下波动而且constant motion  经历了3个过程， 从1-100 大约是-54.8 ；120-320步的样子在 -56.7-56间波动，330-500 在-55.0左右波动。想请问下高手，到底哪个过程才是平衡态哟（该怎么看呢） ，一般要取多少步才能达到平衡呢，也即是我该取那个能量值呢，想做E-V线  谢谢大家

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-1 at 13:32 ]
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1楼 2008-12-15 00:36:36
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
你最好去第一性原理那问，那边懂得比较多一点啊
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-12-15 16:56:08
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
楼主，请问怎么截图啊？
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
3楼2008-12-15 16:57:46
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abinitio

版主 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
500步应该少了点，跑5000步试试
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4楼2008-12-15 19:19:37
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hdh912

金虫 (正式写手)
恩谢谢大家 ，截图可以复制到ORIGIN 里面去画
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5楼2008-12-15 22:08:21
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
我是说截图，不是画图
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
6楼2008-12-16 09:08:34
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tttl060

金虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
截图操作如下:
推荐:键盘最上方:printscreen+ctrl   拖拉鼠标左键操作
考虑:ctrl+alt+A    拖拉鼠标左键操作
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7楼2008-12-16 09:53:42
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tttl060

金虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
上面第二幅图是能量曲线吗?若是的话,从这个曲线上看是不合理的..构型不合理!
考虑:构型---------力场设置----------非键能选择---------截断半径.
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8楼2008-12-16 09:58:37
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hdh912

金虫 (正式写手)
恩 tttl060  
兄弟 就是能量曲线，我优化后，建立的一2×2*2的超晶报，结构怎么会不合理呢 能否说详细点 谢谢
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9楼2008-12-16 12:34:19
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hdh912

金虫 (正式写手)
各位兄弟 很奇怪，我dynamics跑了10000步，我的温度都还在不断的变化，一会3400k，一会1700k,请问这是什么原因呢，那位朋友熟悉动力学模拟的能否给一个判断系统已经达到平衡态的依据 谢谢，不胜感激。祝各位新年快乐。
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10楼2009-02-01 13:33:36
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