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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】autodock3与autodock4

autodock3的取得有点麻烦,我只用过autodock4,请问autodock3有何优点?为什么到现在人家发的文章全用的autodock3,而不用autodock4?
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

引用回帖:
Originally posted by weishenme at 2008/12/14 20:34:


附加程序指哪些啊?

在autodock3.0.5的手册中有从受配体的准备到对接等一系列操作的小程序,像:
mol2topdbqs, addsol, deftors, mkgpf3, mkdpf3等等,这些在autodock4里面都没有啊。这些倒还好,在autodock4里边有ADT能帮着弄前期工作。
但是现在我想做自由能的计算,需要最后的结果分析的几个工具:deftor, cluster, rmsref等等
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9楼2008-12-14 21:50:01
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢
autodock4 不是刚出来不久吗?
2楼2008-12-14 08:45:56
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长


jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论!
是刚出来不久,可是这个“不久”也是在2005年啊,2008年的文章都是用的autodock3,而且我看了autodock4中只放出来了两个单独的单文件程序,autodock4和autogrid4,其它的就没有了,而autodock3好像还包括很多其它的辅助程序
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3楼2008-12-14 12:19:29
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)


jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论!
autodock 4 比 autodock 3.5 有很多改进吗?另外,发文章的这些人用 autodock 3.5 应该是很久了,所以,在没有很大改进的情况下,没有必要换成一个不熟悉的环境。

你也可以申请 autodock 3.5 啊,呵呵……
4楼2008-12-14 14:16:41
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