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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】autodock3与autodock4
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】autodock3与autodock4

autodock3的取得有点麻烦，我只用过autodock4，请问autodock3有何优点？为什么到现在人家发的文章全用的autodock3，而不用autodock4?
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2008-12-13 22:14:43
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢
autodock4 不是刚出来不久吗？
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2楼2008-12-14 08:45:56
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论！
是刚出来不久，可是这个“不久”也是在2005年啊，2008年的文章都是用的autodock3，而且我看了autodock4中只放出来了两个单独的单文件程序，autodock4和autogrid4，其它的就没有了，而autodock3好像还包括很多其它的辅助程序
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-12-14 12:19:29
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论！
autodock 4 比 autodock 3.5 有很多改进吗？另外，发文章的这些人用 autodock 3.5 应该是很久了，所以，在没有很大改进的情况下，没有必要换成一个不熟悉的环境。

你也可以申请 autodock 3.5 啊，呵呵……
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4楼2008-12-14 14:16:41
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论！
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2008-12-14 12:19:
是刚出来不久，可是这个“不久”也是在2005年啊，2008年的文章都是用的autodock3，而且我看了autodock4中只放出来了两个单独的单文件程序，autodock4和autogrid4，其它的就没有了，而autodock3好像还包括很多其它 ...

看了一下 autodock 的官网，autodock 是 2007 年 4 月份才采用 gpl 释放出来的，不是 2005 年啊。
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5楼2008-12-14 14:18:39
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2008/12/14 14:18:


看了一下 autodock 的官网，autodock 是 2007 年 4 月份才采用 gpl 释放出来的，不是 2005 年啊。

哦，可能是我错了。但是我很不明白为什么新的好的版本直接可以下载到，而一个老版本要那么麻烦才能得到呢？而且确实在看手册时发现autodock3有好多附加的程序啊
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6楼2008-12-14 16:07:48
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
不懂
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
7楼2008-12-14 17:48:55
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weishenme

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2008-12-14 16:07:


哦，可能是我错了。但是我很不明白为什么新的好的版本直接可以下载到，而一个老版本要那么麻烦才能得到呢？而且确实在看手册时发现autodock3有好多附加的程序啊

附加程序指哪些啊？
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8楼2008-12-14 20:34:27
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by weishenme at 2008/12/14 20:34:


附加程序指哪些啊？

在autodock3.0.5的手册中有从受配体的准备到对接等一系列操作的小程序，像：
mol2topdbqs, addsol， deftors， mkgpf3, mkdpf3等等，这些在autodock4里面都没有啊。这些倒还好，在autodock4里边有ADT能帮着弄前期工作。
但是现在我想做自由能的计算，需要最后的结果分析的几个工具:deftor, cluster, rmsref等等
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9楼2008-12-14 21:50:01
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weishenme

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2008-12-14 21:50:


在autodock3.0.5的手册中有从受配体的准备到对接等一系列操作的小程序，像：
mol2topdbqs, addsol， deftors， mkgpf3, mkdpf3等等，这些在autodock4里面都没有啊。这些倒还好，在autodock4里边有ADT能帮着弄 ...

deftor是什么啊？
cluster，rmsref的结果我的对接结果里好像analysis命令就直接给出了，rmsref以输入的配体坐标作为参考，也可以在dpf文件里加入rmsref指定其它构象作为参考。
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10楼2008-12-15 10:15:36
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