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qzhaosdu金虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】十二烷基二甲基氧化胺--电子结构
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最近想做十二烷基二甲基氧化胺的一些分子模拟，主要想看看N-O和金属离子的作用。可是一上来就遇到了麻烦，用MS画了分子构型，简单做了下优化，可是用MS自带的2种粗略算电荷的方法得出的结果确不一样，一个说是0e，一个说是1e. 可是我感觉应该是不带电的，所以按照不带电的用gauss又优化了下，就想拿这个作为初始结构用gromacs去做下模拟，放了20个分子，但是最后grompp以后程序说还带着一些负电荷，不大，0.00626e。---这个.itp是通过prodrg生成的，当时prodrg就在氧上给我加了个H上去，我给去掉了，但是所有的电荷我都用gauss出来的密丽根电荷重新加的。 这样去做em就出错了。。。然后我去gromacs的mailinglist去看了下，好多这个错误的，用了几种方法去修改，还是不对。。。 于是我就想用discover是不是能跑下，可是无论用什么力场，都没有N-O这个，程序不给做。。。 请教做过这个N-O的高人指点。。。 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:57 ] |
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