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木之桥

金虫 (小有名气)

[交流] Sybyl 中Ligand Structure Preparation运行错误,求大神

Sybyl新手,用的是Sybyl-X 2.0的版本,做对接的时候,准备小分子,ChemDraw做的图,存为了sdf的格式,在Sybyl里进行了优化,minimize, energy...
然后运行了Ligand Structure Preparation 就显示了下图,求各位大神帮助,怎么解决这个问题呢?十分感谢!

Sybyl 中Ligand Structure Preparation运行错误,求大神
Sybyl.png
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tripos

铁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
根据出错信息可能是你的小分子结构里有一些立体异构不明确,也有可能是你没有这个模块的LICENSE,建议在选择优化策略的时候取消STEREOPLEX相关的选项就可以跳过这个错误。
2楼2017-02-10 13:55:13
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木之桥

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tripos at 2017-02-10 13:55:13
根据出错信息可能是你的小分子结构里有一些立体异构不明确,也有可能是你没有这个模块的LICENSE,建议在选择优化策略的时候取消STEREOPLEX相关的选项就可以跳过这个错误。

请问在准备小分子的时候,取消STEREOPLEX相关选项,该怎么弄呢。。。并没有找到,谢谢,非常感谢!
3楼2017-03-13 23:00:40
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