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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 询问有关引物设计方面的问题
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贺夏

金虫 (小有名气)

[交流] 询问有关引物设计方面的问题

问有关引物设计方面的问题？
（1）请问引物的Tm值及GC含量的计算是用已经加了酶切位点及保护碱基的引物来计算吗？
（2）所说的引物长度也包含了酶切位点及保护碱基吗？
（3）kozak序列加在引物的什么位置？上下游引物都需要加kozak序列吗？
（4）酶切位点的保护碱基是要在酶切位点两端都要加吗？
请大家帮忙解答一下，谢谢！

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1楼 2017-01-01 18:49:15
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我爱chi辣椒

木虫 (正式写手)
★
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1/2，是的，都包含酶切位点和保护碱基。3就我所知是只加在上游，ATG前段。4没看懂你的意思，仅仅是酶切位点两端吗？

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8楼2017-01-01 22:18:41
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贺夏

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 我爱chi辣椒 at 2017-01-01 22:18:41
1/2，是的，都包含酶切位点和保护碱基。3就我所知是只加在上游，ATG前段。4没看懂你的意思，仅仅是酶切位点两端吗？

是的

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9楼2017-01-01 22:22:46
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贺夏

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 贺夏 at 2017-01-01 22:22:46
是的
...

谢谢

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10楼2017-01-01 22:22:56
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贺夏

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 贺夏 at 2017-01-01 22:22:46
是的
...

你好，我还想问一下，kozak序列是不是在计算引物长度与Tm值与GC含量时也算在其中？谢谢

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11楼2017-01-01 22:25:32
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淇淇cotton

新虫 (小有名气)
★
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Tm值和GC含量，我一般加酶切位点和不加酶切位点都看，只要Tm值一度以内就可以。保护碱基根据实际情况吧，可以加也可以不加吧。

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12楼2017-01-01 22:29:01
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贺夏

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 淇淇cotton at 2017-01-01 22:29:01
Tm值和GC含量，我一般加酶切位点和不加酶切位点都看，只要Tm值一度以内就可以。保护碱基根据实际情况吧，可以加也可以不加吧。

谢谢

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13楼2017-01-01 22:35:23
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我爱chi辣椒

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
13楼: Originally posted by 贺夏 at 2017-01-01 22:35:23
谢谢
...

你的第四个问题，有歧义，如果加的话，就要加在酶切位点的外侧，靠近原序列那测不能加。因为有的酶需保护碱基提供位置支撑点，所以最好加上。

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14楼2017-01-02 09:11:15
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贺夏

金虫 (小有名气)
好的，我懂了，谢谢

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15楼2017-01-02 15:15:13
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cry_2013

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
（1）请问引物的Tm值及GC含量的计算是用已经加了酶切位点及保护碱基的引物来计算吗？
          一般是加酶切位点及保护性碱基前的Tm值和GC含量。
（2）所说的引物长度也包含了酶切位点及保护碱基吗？
           不知道你指的是什么时候的引物长度，如果试验对设计引物长度有要求，应该就不包括酶切位点及保护性碱基。
（3）kozak序列加在引物的什么位置？上下游引物都需要加kozak序列吗？
             kozak序列应该是只需加在上游引物的5'端就行。
（4）酶切位点的保护碱基是要在酶切位点两端都要加吗？
             应该是看情况吧，我觉得如果是连加两个或以上酶切位点最好两端都加上吧，毕竟两个酶切位点离得太近对双酶切有一定影响，如      果只加一个酶切位点，我觉得就在一端加就行了，应该是加在5'端。
以上个人经验及理解，仅供参考！
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16楼2017-01-03 11:39:56
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贺夏

金虫 (小有名气)
好的，谢谢

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17楼2017-01-03 21:03:32
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tan9142楼
2017-01-01 19:05   回复  
贺夏(金币+1): 谢谢参与
dsctg3楼
2017-01-01 19:20   回复  
贺夏(金币+1): 谢谢参与
playman4楼
2017-01-01 20:11   回复  
贺夏(金币+1): 谢谢参与
1
青云丹鹤5楼
2017-01-01 20:22   回复  
贺夏(金币+1): 谢谢参与
祝福
tzynew6楼
2017-01-01 22:01   回复  
贺夏(金币+1): 谢谢参与
shenrenren7楼
2017-01-01 22:11   回复  
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