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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » [求助]VASP采用NEB计算势垒的问题(已解决)
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stractor

金虫 (著名写手)

[交流] [求助]VASP采用NEB计算势垒的问题(已解决)

我用NEB计算过渡态的势垒时遇到如下问题:
我采用了4个image(不包括两个端点),采用PBS提交任务,用2个节点,每个节点2个CPU,即#PBS -l nodes=2:a:ppn=2  出现如下错误
[node10:05124] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node10:05124] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node10:05124] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node10:05124] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node10:05125] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node10:05125] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node10:05125] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node10:05125] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node9:05877] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node9:05878] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node9:05878] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node9:05878] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node9:05878] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node9:05877] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node9:05877] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node9:05877] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)

节点9和10中各有3个CPU已被其他任务占用,这里为什么节点的所有CPU都出来了?是不是我缺少了什么设置?
我的INCAR为
SYSTEM= co dissociation
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
ENCUT = 300 eV
ISIF= 2
NSW= 60
GGA = PE
MAXMIN = 45
NELMIN = 4
EDIFF=1E-5
EDIFFG=1E-3
IBRION=1
IMAGES=4
SPRING=-5

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-21 at 21:12 ]
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1楼 2008-12-10 19:38:50
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cos60

木虫 (著名写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thanks
过渡态搜索（TSS）需要一个初态和末态， 请问楼主在VASP里，只有一个POSCAR，怎么设定初态和末态呢？谢谢
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-12-10 20:45:18
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stractor

金虫 (著名写手)
我已经设了初态和末态,分别位于00和05目录里,而其他中间态分别位于目录01,02,03,04(4个image)目录里.

这是我VASP计算的目录
00  01  02  03  04  05  INCAR  KPOINTS  MgdisH2.pbs  MgdisH2.pbs.e3642  MgdisH2.pbs.o3642  POTCAR

现在我不知道是否是服务器的问题.
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3楼2008-12-10 21:06:02
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huangyc

木虫 (正式写手)
LZ的问题我没遇到过。但想请问LZ，为什么选这么多images，只给一个初态和终态不行吗，还有你的01、02、03、04过渡态的猜测有没有什么依据，怎么确定坐标
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4楼2008-12-11 09:43:27
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q68

铁杆木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢 1-24 23:00
还有确定初态、终态，怎么选择中间过渡态的路径？怎么考虑晶格畸变的？
这是一个很重要的方面！
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2008-12-11 09:47:03
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stractor

金虫 (著名写手)
★
灯塔守望者(金币+0,VIP+0):可否做个例子让大家学习如何得到NEB,需要什么参数？方便大家参考。谢谢
wuchenwf(金币+1):谢谢讨论 1-24 23:00
引用回帖:
Originally posted by q68 at 2008-12-11 09:47:
还有确定初态、终态，怎么选择中间过渡态的路径？怎么考虑晶格畸变的？
这是一个很重要的方面！

这就让VASP自己去找了,NEB方法就是靠这些镜像寻找MEP
赞一下(20人) 回复此楼
6楼2008-12-11 10:23:33
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q68

铁杆木虫 (著名写手)
怎么考虑晶格畸变的？
这个又是怎么考虑的？
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7楼2008-12-11 12:24:06
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