24小时热门版块排行榜

返回列表

当前主题已经存档。

stractor

金虫 (著名写手)

1ST强帖: 6
应助: 91 (初中生)
金币: 1487.6
散金: 666
红花: 30
沙发: 1
帖子: 2224
在线: 426.8小时
虫号: 394087
注册: 2007-06-06
专业: 半导体材料

[交流] [求助]VASP采用NEB计算势垒的问题(已解决)

我用NEB计算过渡态的势垒时遇到如下问题:
我采用了4个image(不包括两个端点),采用PBS提交任务,用2个节点,每个节点2个CPU,即#PBS -l nodes=2:a:ppn=2 出现如下错误
[node10:05124] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node10:05124] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node10:05124] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node10:05124] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node10:05125] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node10:05125] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node10:05125] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node10:05125] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node9:05877] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node9:05878] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node9:05878] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node9:05878] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node9:05878] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node9:05877] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node9:05877] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node9:05877] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)

节点9和10中各有3个CPU已被其他任务占用,这里为什么节点的所有CPU都出来了?是不是我缺少了什么设置?
我的INCAR为
SYSTEM= co dissociation
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
ENCUT = 300 eV
ISIF= 2
NSW= 60
GGA = PE
MAXMIN = 45
NELMIN = 4
EDIFF=1E-5
EDIFFG=1E-3
IBRION=1
IMAGES=4
SPRING=-5

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-21 at 21:12 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

1楼 2008-12-10 19:38:50

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cos60

木虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1163.4
散金: 737
红花: 1
沙发: 1
帖子: 1091
在线: 222.5小时
虫号: 323939
注册: 2007-03-14
专业: 组合数学

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thanks

过渡态搜索（TSS）需要一个初态和末态，请问楼主在VASP里，只有一个POSCAR，怎么设定初态和末态呢？谢谢

赞一下(10人)

回复此楼

2楼2008-12-10 20:45:18

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

stractor

金虫 (著名写手)

1ST强帖: 6
应助: 91 (初中生)
金币: 1487.6
散金: 666
红花: 30
沙发: 1
帖子: 2224
在线: 426.8小时
虫号: 394087
注册: 2007-06-06
专业: 半导体材料

我已经设了初态和末态,分别位于00和05目录里,而其他中间态分别位于目录01,02,03,04(4个image)目录里.

这是我VASP计算的目录
00 01 02 03 04 05 INCAR KPOINTS MgdisH2.pbs MgdisH2.pbs.e3642 MgdisH2.pbs.o3642 POTCAR

现在我不知道是否是服务器的问题.

赞一下

回复此楼

3楼2008-12-10 21:06:02

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖