应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » [求助]VASP采用NEB计算势垒的问题(已解决)
71/1返回列表
查看: 1279  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

stractor

金虫 (著名写手)

[交流] [求助]VASP采用NEB计算势垒的问题(已解决)

我用NEB计算过渡态的势垒时遇到如下问题:
我采用了4个image(不包括两个端点),采用PBS提交任务,用2个节点,每个节点2个CPU,即#PBS -l nodes=2:a:ppn=2  出现如下错误
[node10:05124] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node10:05124] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node10:05124] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node10:05124] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node10:05125] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node10:05125] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node10:05125] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node10:05125] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node9:05877] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node9:05878] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node9:05878] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node9:05878] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node9:05878] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node9:05877] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node9:05877] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node9:05877] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)

节点9和10中各有3个CPU已被其他任务占用,这里为什么节点的所有CPU都出来了?是不是我缺少了什么设置?
我的INCAR为
SYSTEM= co dissociation
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
ENCUT = 300 eV
ISIF= 2
NSW= 60
GGA = PE
MAXMIN = 45
NELMIN = 4
EDIFF=1E-5
EDIFFG=1E-3
IBRION=1
IMAGES=4
SPRING=-5

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-21 at 21:12 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-12-10 19:38:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cos60

木虫 (著名写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thanks
过渡态搜索（TSS）需要一个初态和末态， 请问楼主在VASP里，只有一个POSCAR，怎么设定初态和末态呢？谢谢
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-12-10 20:45:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stractor

金虫 (著名写手)
我已经设了初态和末态,分别位于00和05目录里,而其他中间态分别位于目录01,02,03,04(4个image)目录里.

这是我VASP计算的目录
00  01  02  03  04  05  INCAR  KPOINTS  MgdisH2.pbs  MgdisH2.pbs.e3642  MgdisH2.pbs.o3642  POTCAR

现在我不知道是否是服务器的问题.
赞一下 回复此楼
3楼2008-12-10 21:06:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huangyc

木虫 (正式写手)
LZ的问题我没遇到过。但想请问LZ，为什么选这么多images，只给一个初态和终态不行吗，还有你的01、02、03、04过渡态的猜测有没有什么依据，怎么确定坐标
赞一下 回复此楼
4楼2008-12-11 09:43:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

q68

铁杆木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢 1-24 23:00
还有确定初态、终态，怎么选择中间过渡态的路径？怎么考虑晶格畸变的？
这是一个很重要的方面！
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2008-12-11 09:47:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stractor

金虫 (著名写手)
★
灯塔守望者(金币+0,VIP+0):可否做个例子让大家学习如何得到NEB,需要什么参数？方便大家参考。谢谢
wuchenwf(金币+1):谢谢讨论 1-24 23:00
引用回帖:
Originally posted by q68 at 2008-12-11 09:47:
还有确定初态、终态，怎么选择中间过渡态的路径？怎么考虑晶格畸变的？
这是一个很重要的方面！

这就让VASP自己去找了,NEB方法就是靠这些镜像寻找MEP
赞一下(20人) 回复此楼
6楼2008-12-11 10:23:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

q68

铁杆木虫 (著名写手)
怎么考虑晶格畸变的？
这个又是怎么考虑的？
赞一下 回复此楼
7楼2008-12-11 12:24:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 stractor 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 6/300 2026-11-02 00:29 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-01 23:55 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 15/750 2026-11-01 23:45 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 22:11 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 10/500 2026-11-01 21:52 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 21:45 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 8/400 2026-11-01 21:35 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-11-01 21:35 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 19:50 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 16:48 by BCdvBAEpt3zm
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 16:45 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 22/1100 2026-11-01 16:35 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 越来越担心硕士毕业后没有竞争力了 +9 zuesli 2026-10-27 15/750 2026-11-01 12:59 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 3/150 2026-11-01 12:53 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 5/250 2026-11-01 12:51 by BCdvBAEpt3zm
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 12:40 by BCdvBAEpt3zm
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-11-01 12:24 by BCdvBAEpt3zm
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 26/1300 2026-11-01 10:22 by BCdvBAEpt3zm
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 03:59 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 申博自荐 2篇一区TOP+1篇EI+2公开发明专利 2027博士申请 +3 小小阿光 2026-10-27 3/150 2026-10-29 23:56 by 起风了的快乐
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭