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larameme

新虫 (初入文坛)

[交流] 新种鉴定 已有5人参与

请问,一株细菌经过16s序列比对分析,与其相邻的模式菌株相似度为98.4%,与其他菌株的相似度都在97%以下,能基本确定该菌株为新种吗?

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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)


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如果序列没问题,根据个人经验,肯定是

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2楼2016-12-28 02:12:58
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二十一业

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是新种的可能性比较大,具体可以将基因组序列与genebank已知基因组比对ANI试试
3楼2016-12-28 10:45:40
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larameme

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-28 10:45:40
是新种的可能性比较大,具体可以将基因组序列与genebank已知基因组比对ANI试试

好的,非常感谢

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4楼2016-12-28 16:54:26
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larameme

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2016-12-28 02:12:58
如果序列没问题,根据个人经验,肯定是

嗯,谢谢

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5楼2016-12-28 16:54:56
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张丽娟2012

新虫 (初入文坛)


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有个韩国标准菌比对网站,貌似拼写Eztaxon,去比一下

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现实总是最美好的
6楼2016-12-29 12:21:36
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cxw0534

铜虫 (正式写手)


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需要通过物理化学手段鉴定

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7楼2016-12-29 12:46:18
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gxb527

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
一个新种不能简单比对一个序列(虽然是很重要的指标,但发生了变异呢,或者是生理小种呢),还要比对其生理形态等,与已知种是否有显著不同??有句话:不可以替代的形态学鉴定和永远不断跟新的分子技术!
8楼2016-12-29 13:32:26
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