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chuxiao9299

新虫 (初入文坛)

[求助] 从没做过分子模拟,请教下我这种情况要学习什么软件? 已有2人参与

目前做的是纳米药物载体,如DNA折纸结构或小分子蛋白配体,我们对这些结构进行一定修饰,然后负载药物,让它带着药去和细胞膜蛋白特异性结合。
我的老师希望能利用计算机分子模拟软件来模拟DNA折纸或小分子蛋白配体,模拟它们和已知的细胞膜受体蛋白的反应。
DNA折纸的碱基序列或蛋白配体氨基酸序列是已知的,形成的结构在宏观上也已知,但是没有PDB那种三维结构。
请问这种情况要得到DNA折纸或小分子蛋白配体的3维模型,并模拟其与已知大蛋白的结合反应,我应该用什么软件?
(最好是免费的或便宜的,之前咨询DS报价要30多万,我们目前没有这个购买力。。)
谢谢
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laodifang123

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by chuxiao9299 at 2016-12-28 18:18:31
回复晚了,谢谢楼上回答,我们实验室以前没有人做过计算机模拟的,所以确实是从0开始摸索。

我是搞着的额,有NUPACK  ,DSD等
4楼2017-01-06 09:27:09
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
最好用组里面以前用过的软件。否则将会将完全靠自己来搞定!如果组里没有的话!建议可以学习一下:lammps可以到网站上下载的程序包!我个人建议,参考软件包的内容,但不要盲目的照搬!
2楼2016-12-25 09:12:54
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chuxiao9299

新虫 (初入文坛)

回复晚了,谢谢楼上回答,我们实验室以前没有人做过计算机模拟的,所以确实是从0开始摸索。

发自小木虫Android客户端
3楼2016-12-28 18:18:31
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fanyoupeng

新虫 (初入文坛)

月只蓝: 应助指数-1, 非应助 2017-09-20 20:45:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by chuxiao9299 at 2016-12-28 18:18:31
回复晚了,谢谢楼上回答,我们实验室以前没有人做过计算机模拟的,所以确实是从0开始摸索。

楼主  我们实验室也是没有做过模拟的  请问你的问题解决了吗  使用什么软件做的模拟啊 有没有教程的
5楼2017-09-20 14:43:30
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