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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 从没做过分子模拟，请教下我这种情况要学习什么软件？
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chuxiao9299

新虫 (初入文坛)

[求助] 从没做过分子模拟，请教下我这种情况要学习什么软件？ 已有2人参与

目前做的是纳米药物载体，如DNA折纸结构或小分子蛋白配体，我们对这些结构进行一定修饰，然后负载药物，让它带着药去和细胞膜蛋白特异性结合。
我的老师希望能利用计算机分子模拟软件来模拟DNA折纸或小分子蛋白配体，模拟它们和已知的细胞膜受体蛋白的反应。
DNA折纸的碱基序列或蛋白配体氨基酸序列是已知的，形成的结构在宏观上也已知，但是没有PDB那种三维结构。
请问这种情况要得到DNA折纸或小分子蛋白配体的3维模型，并模拟其与已知大蛋白的结合反应，我应该用什么软件？
（最好是免费的或便宜的，之前咨询DS报价要30多万，我们目前没有这个购买力。。）
谢谢
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1楼 2016-12-24 16:09:42
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
最好用组里面以前用过的软件。否则将会将完全靠自己来搞定！如果组里没有的话！建议可以学习一下：lammps可以到网站上下载的程序包！我个人建议，参考软件包的内容，但不要盲目的照搬！
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2楼2016-12-25 09:12:54
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chuxiao9299

新虫 (初入文坛)
回复晚了，谢谢楼上回答，我们实验室以前没有人做过计算机模拟的，所以确实是从0开始摸索。

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-12-28 18:18:31
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laodifang123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chuxiao9299 at 2016-12-28 18:18:31
回复晚了，谢谢楼上回答，我们实验室以前没有人做过计算机模拟的，所以确实是从0开始摸索。

我是搞着的额，有NUPACK  ,DSD等
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4楼2017-01-06 09:27:09
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fanyoupeng

新虫 (初入文坛)
月只蓝: 应助指数-1, 非应助 2017-09-20 20:45:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by chuxiao9299 at 2016-12-28 18:18:31
回复晚了，谢谢楼上回答，我们实验室以前没有人做过计算机模拟的，所以确实是从0开始摸索。

楼主  我们实验室也是没有做过模拟的  请问你的问题解决了吗  使用什么软件做的模拟啊 有没有教程的
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5楼2017-09-20 14:43:30
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