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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 键的约束问题
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2368126698

新虫 (小有名气)

[求助] 键的约束问题

All the bonds between oxygen atoms were constraints using SHAKE algorithm！

分子动力学新手求教用SHAKE algorithm 约束bond的目的。谢谢各位了
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1楼 2016-12-22 14:24:58
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zzybjr

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 2368126698 at 2016-12-23 16:27:36
谢谢你...

不客气

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5楼2016-12-23 17:27:36
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2368126698

新虫 (小有名气)
据说是力场要求，有些水分子力场认为水分子是刚性的，所以要约束其分子键
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2楼2016-12-23 15:08:15
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zzybjr

银虫 (小有名气)
键约束起来之后，分子可以看做刚性，用于不知道力场参数的情况或者节省计算资源。

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2368126698
3楼2016-12-23 16:06:35
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2368126698

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by zzybjr at 2016-12-23 16:06:35
键约束起来之后，分子可以看做刚性，用于不知道力场参数的情况或者节省计算资源。

谢谢你
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4楼2016-12-23 16:27:36
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