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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » Pymol在选择Ca时 defined with 0 atoms.”怎么办呢？
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鸿鹄00000

银虫 (小有名气)

[求助] Pymol在选择Ca时 defined with 0 atoms.”怎么办呢？ 已有1人参与

Pymol在选择Ca时“select carbon, name ca”总显示“Selector: selection "carbon" defined with 0 atoms.”怎么办呢？
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好好学习，天天向上
1楼 2016-12-21 11:01:02
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puluo-880312

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
确定sequence中的name为ca？或者不用输代码，直接在sequence中选择，其为单独的一个sele，然后把该sele重命名为ca，在该sele中进行鼠标操作就可以了
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2楼2016-12-22 09:08:58
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鸿鹄00000

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by puluo-880312 at 2016-12-22 09:08:58
确定sequence中的name为ca？或者不用输代码，直接在sequence中选择，其为单独的一个sele，然后把该sele重命名为ca，在该sele中进行鼠标操作就可以了

一个蛋白，四百多氨基酸，难不成都一个一个点啊？又没有快选的呢

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好好学习，天天向上
3楼2016-12-22 23:22:36
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鸿鹄00000

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 鸿鹄00000 at 2016-12-22 23:22:36
一个蛋白，四百多氨基酸，难不成都一个一个点啊？又没有快选的呢
...

这个Ca是α碳，不是钙

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好好学习，天天向上
4楼2016-12-22 23:24:38
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puluo-880312

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 鸿鹄00000 at 2016-12-22 23:24:38
这个Ca是α碳，不是钙
...

用word打开pdb，看看pdb中的名字是什么！
ATOM     96  CA  CYS A  15      21.565   7.335  47.731  1.00 21.92           C  
ATOM     97  C   CYS A  15      21.715   6.431  46.504  1.00 21.98           C  
ATOM     98  O   CYS A  15      21.085   5.381  46.561  1.00 22.66           O  
ATOM     99  CB  CYS A  15      20.398   8.302  47.468  1.00 21.17           C  
ATOM    100  SG  CYS A  15      20.846   9.585  46.269  1.00 21.78           S  
ATOM    101  N   ALA A  16      22.540   6.753  45.495  1.00 22.13           N  
ATOM    102  CA  ALA A  16      22.738   5.972  44.294  1.00 21.96           C  
ATOM    103  C   ALA A  16      21.520   5.216  43.808  1.00 22.74           C  
ATOM    104  O   ALA A  16      21.412   3.982  43.830  1.00 22.78           O  
比如上面的确实是CA，则可以select carbon, name ca或者select atom, name ca，这样都可以选择你需要的α-C，要以pdb中的为准
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5楼2016-12-23 12:14:05
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鸿鹄00000

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by puluo-880312 at 2016-12-23 12:14:05
用word打开pdb，看看pdb中的名字是什么！
ATOM     96  CA  CYS A  15      21.565   7.335  47.731  1.00 21.92           C  
ATOM     97  C   CYS A  15      21.715   6.431  46.504  1.00 21.98           ...

谢谢！

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好好学习，天天向上
6楼2016-12-25 09:11:21
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