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缘木得猫

新虫 (小有名气)

[求助] 晶胞中异族原子的替换 已有1人参与

Materials studio 中设置晶胞中替换都是原子替换,那么异族的原子之间价电子不同,替换之后整个体系的价电子可能有变化,会不会导致体系带电荷?并且,我有点不理解,实际过程中的替换都是离子替换,比如:Al3+被Mg2+替换,替换后,整个体系是显负价的,需要正电荷离子来平衡。但建模的过程中因为是原子替换,则Al被Mg替换,替换前后,整个体系价电子数反而减少了,体系应该是带正电,那么问题到底出在哪里?是我理解错了吗?怎么建立跟实际相同的模型呢?
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jpchou

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缘木得猫(漫天飘雪代发): 金币+5, 谢谢交流 2016-12-14 22:09:30
但建模的过程中因为是原子替换,则Al被Mg替换,替换前后,整个体系价电子数反而减少了,体系应该是带正电,那么问题到底出在哪里?是我理解错了吗?

你的問題裡面有一個問題,很重要的問題
以你的例子?碚f, Al 被 Mg 替換
是整個系統所有的 Al 全被 Mg 替換?
還是整個系統中單一顆 (或 n 顆) Al 被 Mg 替換?

後者的話,那你的理解就沒問題
整個系統的其中一個 Al (13 個價電子) 若是被 Mg (12 個價電子) 替換
那系統就會帶 +1 電荷 (少一個價電子)

若是前者
比方 graphene,unit cell 中會有兩顆 C (4個價電子)
其中一顆 C 若是被 N (5個價電子) 取代
那形成的材料叫 CN (carbon nitride)
或是 CN 的 C 被 B 取代
那形成了 BN (boron nitride)
這樣?K不會出現 帶電的問題
因為它會形成不同的結構,是不同的材料
2楼2016-12-14 21:06:50
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
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1. ?? DFT ??? ??y"?????????" ????? neutral ???B
    ?κ?????????r??o????????
    ???????? NELECT ?????y?????c????r
    ?????w (VASP, QE, CASTEP ...) ??????? "????" ???????  ???  ??????
    ?????????y?????? neutral ??B
    ?????????????M?????
    ?@????g???????

2. ?????????c?v?? "neutral"
    ??????????????r???????]
    ?K????"????"
    ??????f~ ??????????y??????w Mg(?r???2?w) ????w O (?r???6?w)
    ????y???????? 8 ??r???????????y?????? neutral
    ???????y????w Al (?r???3?w) ????w O (?r???6?w)
    ????y???????? 9 ??r???????????y?????? neutral
    ?????~???c?????? (POTCAR) ?r????y?????? neutral

????????}


???????????????????????Al3+??Mg2+?滻????????????????
> ??Q??????????f????y??? neutral???????]???????????????
   ??y?????? "??????"????????y??????w?r????????????y????

????????????Al????Mg?滻???????NELECT=????????+1??????????????????????????????
> ?????? "???" ????N

    ??????????????????
    ?????????v????
    "Al3+ ?? Mg2+ ???" ~  ?@????????? "???"
    ???????@?N?????????:

    "?????????????NELECT=????????+1??????????????1?????????????????????????????????????"

    ?????????????????   "Al3+ ?? Mg2+ ???"  ?????
    ???@???v?????_???

???^~?x???@???a??????????
??N???? "???????1???????????????"
?@..... DFT ??w?e?????????k?????

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2016-12-15 16:54:28
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jpchou

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【答案】应助回帖

?????castep????????????properties-charge???????????????????????????1????????POSCAR????vasp????????grep ??NELECT'  OUTCAR???????????????????????????????????????м????????????charge?????????????1??????????????У??????????????????????????????????????????????????С????????????????????????е??
>   ???v???N???????????? CASTEP ?O?????????? POSCAR
     POSCAR ?K?????????????@????
     POSCAR ????? "????Y??"???]?? "???????"
     ????????? VASP ???????^ INCAR ??{??

     CASTEP ??????????????O?? "??w?????"
     ?????? VASP ????O?? "??y?Л]?????"
     ???]???k?? "???" ???w?????
     ??? VASP ???????????V?????????????@?????


????????????У??????滻??????castep???????????????modify element??????滻????Al??Mg?滻?????????????????????????????200???199
>  ?@??????????????????x?? 200 ?? neutral
     ?? 199 ?????????? "?p??"????y????????
     ?@??????????K?????
  
     ???????????w?r???? 10 ????????????
     ????y???? 100?????????? 100 ????r???? neutral
     ???????????w?r???? 10 ???A????????????w?r???? 9 ???B???
     ???@?????y 10A+9B=99 ???????????? neutral

     ?? VASP ????У???????? 100 ?w ?r???? 10 ????y
     ?? INCAR ?и?? NELECT???@????y????? "???"
     ??????????f?????w???????????м??????????????y??????F neutral
     
     ??????r????? 10A+9B=99 ????y
     ?@?????y NELECT ?????? 99?????? neutral
     ???? 99 ????????


????????????????е????????????????????????????NELECT??????neutral???????????????NELECT??????????????????????????neutral????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????е???????????????
>   ???
     ??????? NELECT??????y???h???? neutral
     ?????????????y?????? neutral
     neutral ?????????????邀?e???r??????
     ???e???r???????? POTCAR ?e???

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>  ????????п????@??
     ?@?????F???????????
     ???w???????????x?????????о????????
     ???x???? "????????"
     ??????????w????Y???ó???
     INCAR ??? NELECT = xxx
     ?@?? xxx ???????????????p?
     ?@????????y???ǎ? +1 ???
     ??..... ?@????]??~
     ?]?k?? "???" ??????w???????
     ????????? ??????y ?????

     ??????f
     ??????F??????l???? defect
     ????????????????????
     ?@????????l??????
     
      ??????????? nitrogen-vacancy (NV) defect in diamond bulk ???о?
      ??о? NV(-)
      ???ǜ??? diamond bulk???e????????? NV defect
      INCAR ???? NELECT ???y?? -1
      NV(-) ??????γ???

      ??????y?????@??????~ ???~ ??????}???F?
8楼2016-12-15 23:29:53
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普通回帖

缘木得猫

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2016-12-14 21:06:50
但建模的过程中因为是原子替换,则Al被Mg替换,替换前后,整个体系价电子数反而减少了,体系应该是带正电,那么问题到底出在哪里?是我理解错了吗?

你的問題裡面有一個問題,很重要的問題
以你的例子?碚f, Al ...

不好意思,jpchou大神,我没说清楚,1.意思是整个系统中一个Al被Mg替换。2.但是还是有问题,实际过程中是Al3+被Mg2+替换,导致体系带负电荷,我可不可以在用Al原子被Mg替换之后,设置NELECT=中性价电子+1来使得整个体系显负电来与实际匹配呢?但这样做,因为我的是超胞带真空层,会导致静电排斥力吧?(我看过您有个帖子的回复)。所以,我干脆设置NELECT=中性价电子+1,然后再在真空层加1个带正电荷阳离子,这样整个体系也电荷平衡了。不知道这么做对不对?您的看法呢?
3楼2016-12-15 08:14:43
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4楼2016-12-15 08:21:34
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缘木得猫

新虫 (小有名气)

顶顶。
5楼2016-12-15 16:46:41
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缘木得猫

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jpchou at 2016-12-15 16:54:28
你問的問題~ 層次有點複雜

1. 目前 DFT 計算, 系統"一定一定一定" 只能在 neutral 的狀態
    任何帶正負電的情況是無法直接計算
    所以當改變 NELECT 使的系統帶正點或負電時
    計算軟體 (VA ...

直接在castep中选中原子后,选择properties-charge可以设置原子带电荷,设置某个原子为1,然后导出成POSCAR,用vasp静态计算后,grep ‘NELECT'  OUTCAR,之后发现价电子数的确减少了。或者建立个晶胞,中间放入原子,设置charge按钮,改变设置为1,计算,得到的结果中,布居显示,该原子是带正电荷,然后复制这个原子,粘贴到超胞真空层中。我个人觉得这两种方法都是可行的。
我开始的设想,我没表达清楚。开始要表达的意思是:实际晶体中,我们说替换都是离子替换,比如Al3+被Mg2+替换,替换后,体系带负电荷。但是建模的过程中,我们替换都是在castep中直接选择原子,然后modify element,原子替换,则Al被Mg替换之后,体系反而价电子减少,比如价电子由200变为199。我觉得,这不符合实际的情况,连体系正负电性都变了。所以,我觉得是否能够设置NELECT=200+1,这样体系相比于200的价电子体系,就是负的,这样就符合实际了,但时又会导致整个体系是呈负电的,为了平衡电荷,所以会添加个带正电荷的原子在真空层,这也是实际晶体离子替换后,有阳离子吸附在晶体表面的正常现象。
看了您的回答了,我有点懵了。意思是不管怎么替代,不设置NELECT,系统是neutral状态,可以计算。设置NELECT,系统在背景加入假反向电荷,系统还是neutral状态。这样,就可以计算。那怎么考虑物理上的问题,我要怎么做才能达到符合实际情况呢?或者根本达不到实际情况?有点没理解您的意思。
7楼2016-12-15 20:58:42
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缘木得猫

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by jpchou at 2016-12-15 23:29:53
直接在castep中选中原子后,选择properties-charge可以设置原子带电荷,设置某个原子为1,然后导出成POSCAR,用vasp静态计算后,grep ‘NELECT'  OUTCAR,之后发现价电子数的确减少了。或者建立个晶胞,中间放入原子 ...

首先,再次对您表示感谢,这么有耐心的回复我,看过您对其他人的回复也是有求必应,在小木虫里实在是难能可贵了。其次,我终于发现,我的问题出在哪里了。我现在明白了,其实是这样的,Al被Mg替换了,Mg跟Al相比少了一个价电子,要想成键必须从别的地方夺取一个电子,这时一个原子的吸附,就会导致该原子失去电子,变成阳离子,而Mg那里得到电子变成Mg-,这时候整个体系还是中性的。不是设置成阳离子吸附在带电子表面,而是结果是得失电子后,变成了阳离子吸附在带电子表面了。。我曾经就是这么想的,但是这次还是被我自己给绕进去了。。
至于说的,设置原子带电的事,我也知道了POSCAR本来就只有原子位置和晶格参数,但有天自己在castep中试了下,设置原子带正电荷,不知道为什么直接用vasp静态计算后,得到的总价电子数会减少,,现在想起来,的确有点诡异了。
9楼2016-12-16 13:10:12
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jpchou

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【答案】应助回帖

???????ζ????????л???????????????????????????????????????????????С???????????????????
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??Σ?????????????????????????????????????????????????????Al??Mg?滻???Mg??Al?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????Mg????????????Mg-???????????????????????????????ó????????????????????棬???????????????????????????????????????????????????????????????????λ????????????????????
> ??_???@?????r????l??
   ???^??????c????~ ???????????????????????????w????
   ?? OUTCAR ???? (??^ LORBIT >= 10)
   ?? Bader charge analysis ?
   ??.... ??


??????????????????????????????POSCAR????????????λ?ú????????????????????castep????????????????????????????????????vasp????????????????????????????????????????????е???????
> ???`?????????@?N??????l????~ ??????
   ???L?r?g???????????l???@???????
10楼2016-12-16 16:29:44
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