24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cafeytsao

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 11
帖子: 12
在线: 2.8小时
虫号: 3104496
注册: 2014-03-31
专业: 生物信息学

[求助] 关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1 已有1人参与

本人在做关于白色念珠菌的MLST分型，目前已获得等位基因及DST序列号，现在卡在了mega制作进化树和eburst同源分析上.
1.我在尝试不同软件制作进化树，结果发现都有较大差异，文献上大多数人都是用mega软件，我也用文献上他们的数据再用MEGA制作系统发育树，结果发现和他们生成的树都不一样？请问老师这个该怎么解释啊？
2.由于白色念珠菌时二倍体生物，在制作系统进化树的时候需要考虑杂合性吗？我要制作UPGMA系统发育树，参数需要调整吗？bootstrap，我选了1000次，如图1,但是 pattern among lineage,我该选same(homogeneous)，还是different（heterogeneous）？我分别都选了，并且用research的一篇文献的数据做了进化树去比较，图2 为选same(homogeneous)制作的图，图3为选different（heterogeneous），图4为文献原图，图5我用另外的MLSTtest软件制作的图。但我发现不管选pattern among lineage选same(homogeneous)，还是different（heterogeneous）和原图都差距较大，而MLSTtest相对较小一点，请问我怎么做啊？
3.关于进化分支CLADE的问题，我看文献都是说和以前定义的18大分支去比对，把数据下载下来一起构建系统进化树，Pdistance取0.04,而得出菌株属于哪个分支吗？但是我把pubmlst的整个数据库都下载下来，也没有看到他们分支clade的情况，如图6，图7.我想问下你们在做进化分支的时候，是怎么做的啊？谢谢！

图1.jpg