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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1
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cafeytsao

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1 已有1人参与

本人在做关于白色念珠菌的MLST分型，目前已获得等位基因及DST序列号，现在卡在了mega制作进化树和eburst同源分析上.
1.我在尝试不同软件制作进化树，结果发现都有较大差异，文献上大多数人都是用mega软件，我也用文献上他们的数据再用MEGA制作系统发育树， 结果发现和他们生成的树都不一样？请问老师这个该怎么解释啊？
2.由于白色念珠菌时二倍体生物，在制作系统进化树的时候需要考虑杂合性吗？我要制作UPGMA系统发育树，参数需要调整吗？bootstrap，我选了1000次，如图1,但是 pattern among lineage,我该选same(homogeneous)，还是different（heterogeneous）？我分别都选了，并且用research的一篇文献的数据做了进化树去比较，图2 为选same(homogeneous)制作的图，图3为选different（heterogeneous），图4为文献原图，图5我用另外的MLSTtest软件制作的图。但我发现不管选pattern among lineage选same(homogeneous)，还是different（heterogeneous）和原图都差距较大，而MLSTtest相对较小一点，请问我怎么做啊？
3.关于进化分支CLADE的问题，我看文献都是说和以前定义的18大分支去比对，把数据下载下来一起构建系统进化树，Pdistance取0.04,而得出菌株属于哪个分支吗？但是我 把pubmlst的整个数据库都下载下来，也没有看到他们分支clade的情况，如 图6，图7.我想问下你们在做进化分支的时候，是怎么做的啊？谢谢！

关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1
图1.jpg


关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1-1
图2（same(homogeneous).jpg


关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1-2
图3（different（heterogeneous）.jpg


关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1-3
图4（文献原图）.jpg


关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1-4
图5MLSTEST.jpg


关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1-5
图6.jpg


关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1-6
图7.jpg@wizardfan
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1楼 2016-12-14 16:46:28
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mlxmiao

木虫 (著名写手)
关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1-7

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2楼2016-12-14 17:00:56
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mlxmiao

木虫 (著名写手)
mega

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3楼2016-12-14 17:01:07
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mlxmiao

木虫 (著名写手)
mega的话，这是里选择是不是和人家不同？

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4楼2016-12-14 17:02:01
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cafeytsao

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mlxmiao at 2016-12-14 17:02:01
mega的话，这是里选择是不是和人家不同？

我选的upgma,文献都是要求选那个的

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5楼2016-12-14 21:13:30
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zy349458068

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

求助eBURST软件，大神能共享一下吗？谢谢！！！
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6楼2017-10-11 11:46:12
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休止符㏄

新虫 (初入文坛)
大神，能否告知一下，MLST分型测序之后如何提交回得ST号，如何拼接，是否一定双向测序，单向可行吗？急。。。谢谢啦

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7楼2018-02-03 01:15:54
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Stargirl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 休止符㏄ at 2018-02-03 01:15:54
大神，能否告知一下，MLST分型测序之后如何提交回得ST号，如何拼接，是否一定双向测序，单向可行吗？急。。。谢谢啦

单向可行，但测序结果没有双向可靠。pubmlst管网中进入database模块，左侧选择相应菌种，里面可以匹配各个管家基因的编码以及ST

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8楼2018-03-18 14:16:05
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一只喵喵酱

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
9楼2018-10-31 11:29:14
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