应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps我的data文件和in文件如下不知道哪里出错，不能运算，求教虫友细心阅读指教！
51/1返回列表
查看: 3593  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

无事忙0930

金虫 (小有名气)

[求助] lammps我的data文件和in文件如下不知道哪里出错，不能运算，求教虫友细心阅读指教！ 已有1人参与

data????????
LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.5 on Tue Dec 06 08:29:29 +0800 2016
15140 atoms
10080 bonds
5080 angles          #?????0???5080#
0 dihedrals
0 impropers
4 atom types
1 bond types         #?????1???2#
1 angle types        #?????0???2#
0 dihedral types
0 improper types
0.019988 272.019988  xlo xhi
0.047490 272.047490  ylo yhi
0.108994 272.108994  zlo zhi

# Pair Coeffs
#
# 1  H
# 2  Na
# 3  O
# 4  S

Bond Coeffs

1 450 0.9572
2 364 0.1430  

Masses           #Masses????VMD????data????????г???????????????????#

1 1.0080000 # H
2 22.989771 # Na
3 15.999000  # O
4 32.060000 # S

Atoms

1 1 1 0.000000 104.268997 209.776993 98.169998 # H HOH
2 1 1 0.000000 104.505997 210.947006 99.283997 # H HOH
3 1 3 0.000000 103.817001 210.438995 98.767998 # O HOH
....................................................................................................

15140 40 2 0.000000 195.259003 201.108994 79.967003 # Na MOL

Bonds

1 1 1 3
2 1 2 3
3 1 4 6
..................................................

10080 1 15096 15097

Angles
1 1 1 3 2
2 1 4 6 5
..................................................

5000 1 14998 15000 14999
5001 1 15001 15003 15002
..................................................

5080 1 15238 15240 15239
end
in????????
echo screen
dimension     3
boundary        p p p
units real                                    
atom_style   full
bond_style   harmonic
bond_style   harmonic                      #?????#
angle_style  charmm
angle_style  charmm                        #?????#
pair_style    lj/charmm/coul/long 10 12      
pair_style    lj/charmm/coul/long 10 12    #?????#
pair_modify    mix arithmetic                 
kspace_style   pppm 1.0e-4               
read_data   waterliusuana.data
set type 1 charge 0.415                    #H?????2#
set type 3 charge -0.830                   #O?????4#
set type 4 charge  -1                      #Cl?????1#  #s#
set type 2 charge   1                      #Na?????3#
angle_coeff  1 55.00000 104.5200 0.0 0.0
angle_coeff  2 55.00000 104.5200 0.0 0.0           #?????????#
pair_coeff   1 1 0.102  3.188                      #???1 cl 2 h 3 na 4 o# #????1 h 2 na 3 o 4 s#
pair_coeff   4 4 0.4184 4.401                      #????????4 s#
pair_coeff   4 2 0.4184 3.492                      #????????4 s#
pair_coeff   4 3 0.5216 3.785                      #????????4 s#         #I<J#
pair_coeff   2 2 0.4184 2.583
pair_coeff   2 3 0.5216 2.876
pair_coeff   3 3 0.6502 3.169
group water type  1  3                             #???#
group liusuanna  type  2  3  4                     #???#
group waterliusuanna type  1 2 3 4                 #???#
velocity    all create 770.25 770099                             
neighbor   2.0 bin
neigh_modify     delay 0 every 1         
min_style    cg
minimize    1.0e-4 1.0e-6 500 1000 # etol ftol maxiter maxeval   stopping tolerance for energy (unitless)  for force (force units)  iterations  max number of force/energy evaluations#         
fix   1 all shake 1.0e-6 500 0 b 1 a 1   # tol=accuracy tolerance of SHAKE solution  iter = max # of iterations in each SHAKE solution #
fix   2 all npt temp 770.25 770.25 100.0 iso 27.78 27.78 1000.0         #gas yong npt #
thermo_style multi
thermo   100
timestep    1.0

dump mydump all custom 1000 dump.*.lammpstrj id type x y z
dump        1  all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z
dump                2 all image 10000 image.*.jpg type type &
                zoom 1.6 adiam 1.5
dump_modify        2 pad 4

dump                3 all movie 10000 movie.mpg type type &
                zoom 1.6 adiam 1.5
restart  100000 water.res
run 2000000

???д????????
F:LAMMPS 64-bit 20150904inguoshuailiusuanna>mpiexec -n 10 lmp_mpi -in
waternacl.in
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
LAMMPS (4 Sep 2015-ICMS)
WARNING: OMP_NUM_THREADS environment is not set. (../comm.cpp:90)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
dimension     3
boundary        p p p
units real
atom_style   full
bond_style   harmonic
bond_style   harmonic                      #需??改#
angle_style  charmm
angle_style  charmm                        #需??改#
pair_style    lj/charmm/coul/long 10 12
pair_style    lj/charmm/coul/long 10 12    #需??改#
pair_modify    mix arithmetic
kspace_style   pppm 1.0e-4
read_data   waterliusuana.data
Reading data file ...
ERROR on proc 0: Cannot open file waterliusuana.data (../read_data.cpp:1737)

job aborted:
rank: node: exit code[: error message]
0: kejilou709-PC: 1: process 0 exited without calling finalize
1: kejilou709-PC: 123
2: kejilou709-PC: 123
3: kejilou709-PC: 123
4: kejilou709-PC: 123
5: kejilou709-PC: 123
6: kejilou709-PC: 123
7: kejilou709-PC: 123
8: kejilou709-PC: 123
9: kejilou709-PC: 123@smutao@oxox6085
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-12-11 19:34:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yingxong2020

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

最后写的是读data文件错误，所以就是data格式不对吧？
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2017-01-20 16:48:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cly001

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingxong2020 at 2017-01-20 16:48:16
最后写的是读data文件错误，所以就是data格式不对吧？

read-data格式不对吧，后面应该是data.mubiao
赞一下 回复此楼
3楼2017-05-15 19:46:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyfwdkkk

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingxong2020 at 2017-01-20 16:48:16
最后写的是读data文件错误，所以就是data格式不对吧？

大神你好，我想问一下，我想创建一个纳米团簇的模型，先region一个半径为100的大球，在region一个半径为10的小球，然后group这个小球，我想知道怎么用delete_atoms命令删除小球周围的那部分大球，使小球周围处于真空状态，在小球模型内进行模拟？求救啊大神
赞一下 回复此楼
4楼2017-05-20 16:59:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

HSUTB426

新虫 (初入文坛)
我也遇到这样的问题了 请问楼主解决了吗
赞一下 回复此楼
5楼2017-07-12 17:20:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 无事忙0930 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭