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无事忙0930

金虫 (小有名气)

[求助] lammps我的data文件和in文件如下不知道哪里出错，不能运算，求教虫友细心阅读指教！ 已有1人参与

data????????
LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.5 on Tue Dec 06 08:29:29 +0800 2016
15140 atoms
10080 bonds
5080 angles          #?????0???5080#
0 dihedrals
0 impropers
4 atom types
1 bond types         #?????1???2#
1 angle types        #?????0???2#
0 dihedral types
0 improper types
0.019988 272.019988  xlo xhi
0.047490 272.047490  ylo yhi
0.108994 272.108994  zlo zhi

# Pair Coeffs
#
# 1  H
# 2  Na
# 3  O
# 4  S

Bond Coeffs

1 450 0.9572
2 364 0.1430  

Masses           #Masses????VMD????data????????г???????????????????#

1 1.0080000 # H
2 22.989771 # Na
3 15.999000  # O
4 32.060000 # S

Atoms

1 1 1 0.000000 104.268997 209.776993 98.169998 # H HOH
2 1 1 0.000000 104.505997 210.947006 99.283997 # H HOH
3 1 3 0.000000 103.817001 210.438995 98.767998 # O HOH
....................................................................................................

15140 40 2 0.000000 195.259003 201.108994 79.967003 # Na MOL

Bonds

1 1 1 3
2 1 2 3
3 1 4 6
..................................................

10080 1 15096 15097

Angles
1 1 1 3 2
2 1 4 6 5
..................................................

5000 1 14998 15000 14999
5001 1 15001 15003 15002
..................................................

5080 1 15238 15240 15239
end
in????????
echo screen
dimension     3
boundary        p p p
units real                                    
atom_style   full
bond_style   harmonic
bond_style   harmonic                      #?????#
angle_style  charmm
angle_style  charmm                        #?????#
pair_style    lj/charmm/coul/long 10 12      
pair_style    lj/charmm/coul/long 10 12    #?????#
pair_modify    mix arithmetic                 
kspace_style   pppm 1.0e-4               
read_data   waterliusuana.data
set type 1 charge 0.415                    #H?????2#
set type 3 charge -0.830                   #O?????4#
set type 4 charge  -1                      #Cl?????1#  #s#
set type 2 charge   1                      #Na?????3#
angle_coeff  1 55.00000 104.5200 0.0 0.0
angle_coeff  2 55.00000 104.5200 0.0 0.0           #?????????#
pair_coeff   1 1 0.102  3.188                      #???1 cl 2 h 3 na 4 o# #????1 h 2 na 3 o 4 s#
pair_coeff   4 4 0.4184 4.401                      #????????4 s#
pair_coeff   4 2 0.4184 3.492                      #????????4 s#
pair_coeff   4 3 0.5216 3.785                      #????????4 s#         #I<J#
pair_coeff   2 2 0.4184 2.583
pair_coeff   2 3 0.5216 2.876
pair_coeff   3 3 0.6502 3.169
group water type  1  3                             #???#
group liusuanna  type  2  3  4                     #???#
group waterliusuanna type  1 2 3 4                 #???#
velocity    all create 770.25 770099                             
neighbor   2.0 bin
neigh_modify     delay 0 every 1         
min_style    cg
minimize    1.0e-4 1.0e-6 500 1000 # etol ftol maxiter maxeval   stopping tolerance for energy (unitless)  for force (force units)  iterations  max number of force/energy evaluations#         
fix   1 all shake 1.0e-6 500 0 b 1 a 1   # tol=accuracy tolerance of SHAKE solution  iter = max # of iterations in each SHAKE solution #
fix   2 all npt temp 770.25 770.25 100.0 iso 27.78 27.78 1000.0         #gas yong npt #
thermo_style multi
thermo   100
timestep    1.0

dump mydump all custom 1000 dump.*.lammpstrj id type x y z
dump        1  all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z
dump                2 all image 10000 image.*.jpg type type &
                zoom 1.6 adiam 1.5
dump_modify        2 pad 4

dump                3 all movie 10000 movie.mpg type type &
                zoom 1.6 adiam 1.5
restart  100000 water.res
run 2000000

???д????????
F:LAMMPS 64-bit 20150904inguoshuailiusuanna>mpiexec -n 10 lmp_mpi -in
waternacl.in
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
LAMMPS (4 Sep 2015-ICMS)
WARNING: OMP_NUM_THREADS environment is not set. (../comm.cpp:90)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
dimension     3
boundary        p p p
units real
atom_style   full
bond_style   harmonic
bond_style   harmonic                      #需??改#
angle_style  charmm
angle_style  charmm                        #需??改#
pair_style    lj/charmm/coul/long 10 12
pair_style    lj/charmm/coul/long 10 12    #需??改#
pair_modify    mix arithmetic
kspace_style   pppm 1.0e-4
read_data   waterliusuana.data
Reading data file ...
ERROR on proc 0: Cannot open file waterliusuana.data (../read_data.cpp:1737)

job aborted:
rank: node: exit code[: error message]
0: kejilou709-PC: 1: process 0 exited without calling finalize
1: kejilou709-PC: 123
2: kejilou709-PC: 123
3: kejilou709-PC: 123
4: kejilou709-PC: 123
5: kejilou709-PC: 123
6: kejilou709-PC: 123
7: kejilou709-PC: 123
8: kejilou709-PC: 123
9: kejilou709-PC: 123@smutao@oxox6085
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1楼 2016-12-11 19:34:06
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zyfwdkkk

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingxong2020 at 2017-01-20 16:48:16
最后写的是读data文件错误，所以就是data格式不对吧？

大神你好，我想问一下，我想创建一个纳米团簇的模型，先region一个半径为100的大球，在region一个半径为10的小球，然后group这个小球，我想知道怎么用delete_atoms命令删除小球周围的那部分大球，使小球周围处于真空状态，在小球模型内进行模拟？求救啊大神
赞一下 回复此楼
4楼2017-05-20 16:59:55
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yingxong2020

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

最后写的是读data文件错误，所以就是data格式不对吧？
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2017-01-20 16:48:16
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cly001

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingxong2020 at 2017-01-20 16:48:16
最后写的是读data文件错误，所以就是data格式不对吧？

read-data格式不对吧，后面应该是data.mubiao
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3楼2017-05-15 19:46:07
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HSUTB426

新虫 (初入文坛)
我也遇到这样的问题了 请问楼主解决了吗
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5楼2017-07-12 17:20:40
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