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mupchy

金虫 (正式写手)

[求助] 用MS做完分子动力学模拟后,怎么根据结果做出像文献中一样的径向分布图 已有1人参与

如题,菜鸟好不容易磕磕绊绊的用MS做完了分子动力学模拟后,对于怎么做出像文献中那样的径向分布图没有一点头绪,网上查了很多,还是不会,求哪位大神指点一下,能给出详细步骤就更好了!!谢谢大家啊!!!!

用MS做完分子动力学模拟后,怎么根据结果做出像文献中一样的径向分布图
文献中漂亮的图.jpg@smutao@oxox6085
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mupchy

金虫 (正式写手)

自己顶一下!!
2楼2016-12-01 08:49:25
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Ronny_chou

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先做一个Forceit的电子密度计算,然后用analysis里的RDF进行切面分析就可以~
3楼2016-12-01 09:00:24
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Ronny_chou

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

只要做过Forceit计算,选中.xsd或者.xtd文件,都可以分析

具体过程为:

选中其中三个原子(三原子确定一个面),然后做slice切面,最后Forceit analysis中RDF研究
4楼2016-12-01 09:04:32
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mupchy

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Ronny_chou at 2016-12-01 09:04:32
只要做过Forceit计算,选中.xsd或者.xtd文件,都可以分析

具体过程为:

选中其中三个原子(三原子确定一个面),然后做slice切面,最后Forceit analysis中RDF研究

您好!非常感谢您的回复,我通过view--->toolbars--->volume visualization, 发现可以调出creat slices,但是我这个模块整个是灰色的,无法操作,我在我的.xtd文件中各种角度选了三个原子,这个模块还是灰色的,无法操作,请问我哪里做错了吗?(Ps: 我用的是MS 7.0,我是用Discover模块做的动力学模拟。)
5楼2016-12-01 09:42:45
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祝福
6楼2016-12-01 10:03:02
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mupchy

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Ronny_chou at 2016-12-01 09:04:32
只要做过Forceit计算,选中.xsd或者.xtd文件,都可以分析

具体过程为:

选中其中三个原子(三原子确定一个面),然后做slice切面,最后Forceit analysis中RDF研究

还有一个问题我没说明白,我想做出的是图中最左边的那种线状图!!不好意思啊,您告诉我的方法是不是得到中间的那种图的方法啊···
7楼2016-12-01 10:27:56
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Ronny_chou

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by mupchy at 2016-12-01 10:27:56
还有一个问题我没说明白,我想做出的是图中最左边的那种线状图!!不好意思啊,您告诉我的方法是不是得到中间的那种图的方法啊···...

嗯嗯,我也是新手~左边的图应该是编辑后得到的图,看横纵坐标感觉是电子数梯度与距离的关系啊,你考虑下
8楼2016-12-01 19:23:32
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