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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于正则系综与微正则系综
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】关于正则系综与微正则系综

请问各位MD高手，看过一篇文献，说他在模拟有机阳离子在水环境中通过一个离子通道的过程时用的是NpT系综，可是我不明白，为什么要等压呢？这个模拟我觉得用能量恒定的微正则系综不是更合理吗？

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:49 ]
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1楼 2008-12-02 10:19:35
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
因为在自然状态下，蛋白质与配体的作用是没有外能加入的，因而是一个能量恒定的微正则系统，而体积V 和压力 P也确实是没有变化的，所以我不是认为应该用微正则，我是觉得微正则以及NvT, NpT都可以啊，这三者在这个系统中有什么区别呢？
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-12-02 10:47:18
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢
NpT我觉得比较适合啊，我看很多文献都是用等压，你为什么认为能量恒定的微正则系综更合理？
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-12-02 10:37:36
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gredream

禁虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答，欢迎再次光临计算模拟版!
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4楼2008-12-02 16:42:08
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2008-12-2 10:47:
因为在自然状态下，蛋白质与配体的作用是没有外能加入的，因而是一个能量恒定的微正则系统，而体积V 和压力 P也确实是没有变化的，所以我不是认为应该用微正则，我是觉得微正则以及NvT, NpT都可以啊，这三者在这个 ...

我也觉得一个体系可以用很多种系综来模拟，至于选择哪一种，可以根据要测的体系的性质来决定，比如NTP系综比较接近实验的条件，这样得到的参数可以直接与实验对比，但有时测得的体系的平均密度不对，这样对体系的动力学性质就会产生比较大的影响，这时可以考虑一下NTV系综，根据本人的经验，NTV要比NTP 跑的快些
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5楼2008-12-03 13:59:22
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