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hanzhongjie铜虫 (小有名气)
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[交流]
同源模建
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求各位师兄师姐帮助我，我项目进行不下去了。师兄师姐看看我的思路对不对，麻烦给点帮助！ 我研究的蛋白质是BCRP(ABCG2),但是pdb库里没有这个蛋白质的结构。于是我准备同源模建。我在NCBI库里找到人的BCRP序列，然后用这个序列进行pblastb比对，出来的结果全是红色的。出来的这些，也都只是序列，没有结构。所以我就在swiss-modeller上直接用我之前搜到的人的BCRP序列，找模版。这之后会找到几个模版，相似度也就30%，这样的话可以直接用这些模版来建模，但是这样的话之前pblast又有什么用了呢？好像没用到它的结果。 之后更可能难的就是，我研究的BCRP是半转运体，发挥作用需要结合另一半成二聚体才能发挥作用，然后我就懵逼了，这使我想起来用对接，觉得接上另一半在跑动力学继续研究。。。但是这些只是我以初学者的角度随便想的，并不可行。 所以，我求助各位师兄，我该怎么进行我的研究啊。我的项目题目是BCRP变构耦合机制研究。 |
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